Publications

Epidemiology and Demography

Safety of a large language model-based clinical decision support system in African primary healthcare.Agweyu, A. Mwaniki, P. Musau, W. Korom, R. Isaaka, L. Wanyama, C. Kiptinness, S. Adan, N. Emmanuel-Fabula, M. Mateen, B. A.
Nat Health, (2026). 1:607-618

Feasibility of a community-based intervention for the diagnosis and management of hypertension in two rural populations in Kenya and The Gambia: IMPLEMENT-IHCoR feasibility study protocol.Hassan, S. Kagwanja, N. Diallo, B. Willis, R. Hine, J. Brazeal, A. Obure, V. Kalu, C. Mwagwabi, N. C. Shah, A. S. Mumba, N. Oyando, R. Perkins, A. Nolte, E. Tsofa, B. Barasa, E. Perel, P. Jobe, M. Etyang, A. Murphy, A.
BMJ Open, (2026). 16:e108926

Intravenous Artesunate in Artemisinin-Resistant Severe Malaria in Uganda.Maitland, K. Okao, M. Conrad, M. D. Etwop, T. Akite, M. Oguda, E. Alaroker, F. Aromut, D. Muhindo, R. Uyoga, S. Olupot-Olupot, P. Mogaka, C. Connon, R. Katairo, T. Okitwi, M. Briggs, J. Gibb, D. M. Day, N. P. J. White, N. J. Williams, T. N. Dondorp, A. M. Walker, A. S. George, E. C. Rosenthal, P. J.
N Engl J Med, (2026). :

Cumulative Plasmodium falciparum infections do not drive long-term telomere shortening in Kenyan children.Miglar, A. Amadi, D. Grannas, D. Widman, L. Mwacharo, J. Musyoki, J. Kai, O. Bejon, P. Maccharia, A. Williams, T. N. Färnert, A. Asghar, M. Ndungu, F. M.
Front Cell Infect Microbiol, (2026). 16:1750881

Global approaches to infectious disease surveillance and modeling.Khurana, M. P. Tsui, J. L. Gutierrez, B. Chopra, A. Scheidwasser, N. Zhu, H. B. H. Chang, S. Y. Duchêne, D. A. Mills, C. Inward, R. P. D. Reddy, B. Brittain, J. Dasgupta, A. Sheldon, J. Githinji, G. Brownstein, J. S. Monod, M. Ferretti, L. Bershan, S. Tietze, S. Ferres, L. Argimón, S. Dallman, T. J. Koua, E. Ratmann, O. Cauchemez, S. Meyers, L. A. Su, L. Vespignani, A. Pronyk, P. O'Toole, Á Rambaut, A. Loman, N. J. Holmes, E. C. Flaxman, S. Mulder, N. Morgan, O. W. Tegally, H. Gomez-Rodriguez, M. Shadbolt, N. Happi, C. Chand, M. Tessema, S. K. Mbala-Kingebeni, P. Suchard, M. A. Pybus, O. G. Scarpino, S. V. Bhatt, S. Kraemer, M. U. G.
Nat Med, (2026). 32:1646-1660

Wastewater-based genomic surveillance reveals high-risk multidrug-resistant Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae in Windhoek, Namibia.Kandanda, G. K. Musundi, S. Kakungu, A. Nangolo, L. Odoyo, S. Oclu, A. Danso, J. Egyir, B. Ashipala, L. Swartbooi, W. Nsawotebba, A. Ayitewala, A. Githinji, G. Onywera, H. Mwapagha, L. M.
Microb Pathog, (2026). 216:108551

Growth and puberty in African children with sickle cell anemia treated with hydroxyurea.Backeljauw, P. Tomlinson, G. Smart, L. R. Tshilolo, L. M. M. Williams, T. N. Santos, B. Olupot-Olupot, P. Stuber, S. E. Lane, A. Latham, T. S. Ware, R. E.
Blood Adv, (2026). :

African-specific genetic loci determine iron status and risk of severe malaria and bacteremia in African children.Muriuki, J. M. Mentzer, A. J. Band, G. Chong, A. Y. Macharia, A. W. Mogire, R. M. Abuga, K. M. Mitchell, R. Gilchrist, J. J. Webb, E. L. Ndungu, F. M. Raffield, L. M. Ekunwe, L. Bentley, A. R. Sirima, S. B. Madhi, S. A. Hill, A. V. S. Prentice, A. M. Bejon, P. Hemani, G. Smith, G. D. Sandhu, M. S. Elliott, A. M. Williams, T. N. Adeyemo, A. Atkinson, S. H.
Nat Commun, (2026). :

Cholera in Kenya: A scoping review of current research, evidence gaps and future directions.Wamae, K. Magudha, J. Kakungu, A. Aricha, S. Langat, D. Kinyanjui, S. Mokaya, J. Thomson, N. R. Agoti, C. Githinji, G.
PLOS Glob Public Health, (2026). 6:e0006011

Multimodal pulse oximeters to support the integrated management of childhood illnesses: A usability and diagnostic accuracy assessment from a multi-country hybrid type 2 study.Storey, H. L. Fielding, T. L. Mwesigwa, J. Green, R. K. Parker, M. E. Jacob, A. Lwambura, S. Kitonga, M. Maina, L. Tyagi, M. Mwikamba, A. Ngunu, C. Pandey, A. K. Sougou, N. M. Tine, J. Steele, A. Habte, T. Endriyas, M. Baker, K. Rivas, V. Walke, S. Ba, M. Miheso, A. Mjungu, D. Sharma, K. Emmanuel-Fabula, M. Ruffo, M. Agweyu, A. Awasthi, S. Singh, S. N. Kumar, D. Mhalu, G. Faye, P. M. Ndiaye, O.
PLOS Glob Public Health, (2026). 6:e0004655

Longitudinal Epidemiology and Variant Dynamics of SARS-CoV-2 in Coastal Kenya (2020-2025): Clinical Features and Wave Patterns.Lambisia, A. W. Nyiro, J. Githinji, G. Katama, E. N. Moraa, E. Mwita, J. M. Mutunga, M. Maina, G. Bejon, P. Phan, M. V. T. Cotten, M. Dellicour, S. Ochola-Oyier, L. I. Sande, C. Holmes, E. C. Nyagwange, J. Agoti, C. N.
Open Forum Infect Dis, (2026). 13:ofag084

Eight coding-complete genomes of human metapneumovirus recovered by virus metagenomics in coastal Kenya, 2021-2024.Mwasya, S. K. Okanda, D. Odoyo, S. Katama, E. N. Lewa, C. Lambisia, A. W. Githinji, G. Agoti, C. N.
Microbiol Resour Announc, (2026). 15:e0006526

The Epidemiology of Sickle Cell Disease in Sub-Saharan Africa: Current Knowledge and Gaps to be Filled.Ranque, B. Tshilolo, L. Williams, T. N.
Am J Hematol, (2026). 101 Suppl 1:5-16

Oral rehydration for severe malnutrition in children with moderate and severe dehydration (GASTROSAM): a phase 2, open-label, superiority randomised controlled trial.Maitland, K. Sainna, H. Connon, R. Ouattara, S. M. Sunyoto, T. Chara, A. Ogundipe, O. F. Maguina, A. S. Hamaluba, M. Olupot-Olupot, P. Alaroker, F. Okiror, W. Aromut, D. Mwajombo, E. Oguda, E. Mogaka, C. Langendorf, C. Dewez, J. E. Ciglenecki, I. Gibb, D. M. Petrucci, R. Coldiron, M. E. George, E. C. Gastrosam trial group
Lancet Child Adolesc Health, (2026). 10:319-329

Prevalence, spatial and temporal distribution of tungiasis in the Kilifi Health and Demographic Surveillance System (KHDSS) in Kenya.Ouma, N. Muchiri, S. K. Nyundo, C. Walumbe, D. Nyaguara, A. Maia, M. Adetifa, I. Orindi, B. Bejon, P. Fillinger, U. Elson, L.
BMJ Glob Health, (2026). 11:

Nasopharyngeal Microbiome Composition and its Clinical Correlates in Children Hospitalized with Severe Pneumonia in East Africa.Makori, T. O. Gicheru, E. T. Mburu, M. W. Sada, M. S. Nyawa, O. Mutunga, M. Lewa, C. Cheruiyot, R. Kiguli, S. Olupot-Olupot, P. Muhindo, R. Mogaka, C. Williams, T. N. Agoti, C. N. Maitland, K. Sande, C. J.
J Infect Dis, (2026). :

Serotype-specific pneumococcal invasiveness: a global meta-analysis of paired estimates of disease incidence and carriage prevalence.Gallagher, K. E. Odiwour, F. Bottomley, C. Ojal, J. Adamu, A. Muthumbi, E. Kagucia, E. W. Hammitt, L. L. Massora, S. Sigauque, B. Chauque, A. Vilanculos, L. Verani, J. R. da Gloria Carvalho, M. von Gottberg, A. Kleynhans, J. Madhi, S. A. Olwagen, C. P. Mackenzie, G. Salaudeen, R. Gierke, R. Kobayashi, M. Pelton, S. Yildirim, I. Thomas, S. Tunali, A. Farley, M. Swarthout, T. D. Kalizang'oma, A. Heyderman, R. S. French, N. Choi, Y. Andrews, N. Ladhani, S. Miller, E. Scott, J. A. G.
Lancet Microbe, (2026). 7:101301

Understanding what factors influence community health worker involvement in hypertension service delivery in Kenya: applying a community health system lens.Kagwanja, N. Oyando, R. Hassan, S. Diallo, B. A. Badjie, J. Lucinde, R. Mumba, N. Kinyanjui, S. Perel, P. Etyang, A. Aaliyan, N. Leli, H. Nolte, E. Tsofa, B.
Health Policy Plan, (2026). 41:627-639

Understanding the role of 'software' in health system capacity for non-communicable disease response: hypertension care in rural Coastal Kenya.Oyando, R. Kagwanja, N. Diallo, B. A. Hassan, S. Badjie, J. Lucinde, R. Mumba, N. Kinyanjui, S. M. Perel, P. Etyang, A. Barasa, E. Nolte, E. Tsofa, B.
Health Policy Plan, (2026). 41:584-598

Gut microbial diversity impacts carbohydrate fermentation by children with severe acute malnutrition.Bisht, A. Ahn-Jarvis, J. Corbin, K. Harris, S. Troncoso-Rey, P. Olupot-Olupot, P. Calder, N. Walsh, K. Maitland, K. Frost, G. Warren, F. J.
iScience, (2026). 29:114640