George Githinji
Toward a global virus genomic surveillance network.Hill, V.
Githinji, G.
Vogels, C. B. F.
Bento, A. I.
Chaguza, C.
Carrington, C. V. F.
Grubaugh, N. D.
Cell Host Microbe, (2023). 31:861-873
Whole-genome sequencing of SARS-CoV-2 isolates from symptomatic and asymptomatic individuals in Tanzania.Mziray, S. R.
van Zwetselaar, M.
Kayuki, C. C.
Mbelele, P. M.
Makubi, A. N.
Magesa, A. S.
Kisonga, R. M.
Sonda, T. B.
Kibiki, G. S.
Githinji, G.
Heysell, S. K.
Chilongola, J. O.
Mpagama, S. G.
Front Med (Lausanne), (2023). 9:1034682
Global disparities in SARS-CoV-2 genomic surveillance.Brito, A. F.
Semenova, E.
Dudas, G.
Hassler, G. W.
Kalinich, C. C.
Kraemer, M. U. G.
Ho, J.
Tegally, H.
Githinji, G.
Agoti, C. N.
Matkin, L. E.
Whittaker, C.
Bulgarian, Sars-CoV-sequencing group
Communicable Diseases Genomics, Network
Covid- Impact Project
Danish Covid-19 Genome, Consortium
Fiocruz, Covid-Genomic Surveillance Network
Gisaid core curation team
Network for Genomic Surveillance in South, Africa
Swiss, Sars-CoV-Sequencing Consortium
Howden, B. P.
Sintchenko, V.
Zuckerman, N. S.
Mor, O.
Blankenship, H. M.
de Oliveira, T.
Lin, R. T. P.
Siqueira, M. M.
Resende, P. C.
Vasconcelos, A. T. R.
Spilki, F. R.
Aguiar, R. S.
Alexiev, I.
Ivanov, I. N.
Philipova, I.
Carrington, C. V. F.
Sahadeo, N. S. D.
Branda, B.
Gurry, C.
Maurer-Stroh, S.
Naidoo, D.
von Eije, K. J.
Perkins, M. D.
van Kerkhove, M.
Hill, S. C.
Sabino, E. C.
Pybus, O. G.
Dye, C.
Bhatt, S.
Flaxman, S.
Suchard, M. A.
Grubaugh, N. D.
Baele, G.
Faria, N. R.
Nat Commun, (2022). 13:7003
The evolving SARS-CoV-2 epidemic in Africa: Insights from rapidly expanding genomic surveillance.Tegally, H.
San, J. E.
Cotten, M.
Moir, M.
Tegomoh, B.
Mboowa, G.
Martin, D. P.
Baxter, C.
Lambisia, A. W.
Diallo, A.
Amoako, D. G.
Diagne, M. M.
Sisay, A.
Zekri, A. N.
Gueye, A. S.
Sangare, A. K.
Ouedraogo, A. S.
Sow, A.
Musa, A. O.
Sesay, A. K.
Abias, A. G.
Elzagheid, A. I.
Lagare, A.
Kemi, A. S.
Abar, A. E.
Johnson, A. A.
Fowotade, A.
Oluwapelumi, A. O.
Amuri, A. A.
Juru, A.
Kandeil, A.
Mostafa, A.
Rebai, A.
Sayed, A.
Kazeem, A.
Balde, A.
Christoffels, A.
Trotter, A. J.
Campbell, A.
Keita, A. K.
Kone, A.
Bouzid, A.
Souissi, A.
Agweyu, A.
Naguib, A.
Gutierrez, A. V.
Nkeshimana, A.
Page, A. J.
Yadouleton, A.
Vinze, A.
Happi, A. N.
Chouikha, A.
Iranzadeh, A.
Maharaj, A.
Batchi-Bouyou, A. L.
Ismail, A.
Sylverken, A. A.
Goba, A.
Femi, A.
Sijuwola, A. E.
Marycelin, B.
Salako, B. L.
Oderinde, B. S.
Bolajoko, B.
Diarra, B.
Herring, B. L.
Tsofa, B.
Lekana-Douki, B.
Mvula, B.
Njanpop-Lafourcade, B. M.
Marondera, B. T.
Khaireh, B. A.
Kouriba, B.
Adu, B.
Pool, B.
McInnis, B.
Brook, C.
Williamson, C.
Nduwimana, C.
Anscombe, C.
Pratt, C. B.
Scheepers, C.
Akoua-Koffi, C. G.
Agoti, C. N.
Mapanguy, C. M.
Loucoubar, C.
Onwuamah, C. K.
Ihekweazu, C.
Malaka, C. N.
Peyrefitte, C.
Grace, C.
Omoruyi, C. E.
Rafai, C. D.
Morang'a, C. M.
Erameh, C.
Lule, D. B.
Bridges, D. J.
Mukadi-Bamuleka, D.
Park, D.
Rasmussen, D. A.
Baker, D.
Nokes, D. J.
Ssemwanga, D.
Tshiabuila, D.
Amuzu, D. S. Y.
Goedhals, D.
Grant, D. S.
Omuoyo, D. O.
Maruapula, D.
Wanjohi, D. W.
Foster-Nyarko, E.
Lusamaki, E. K.
Simulundu, E.
Ong'era, E. M.
Ngabana, E. N.
Abworo, E. O.
Otieno, E.
Shumba, E.
Barasa, E.
Ahmed, E. B.
Ahmed, E. A.
Lokilo, E.
Mukantwari, E.
Philomena, E.
Belarbi, E.
Simon-Loriere, E.
Anoh, E. A.
Manuel, E.
Leendertz, F.
Taweh, F. M.
Wasfi, F.
Abdelmoula, F.
Takawira, F. T.
Derrar, F.
Ajogbasile, F. V.
Treurnicht, F.
Onikepe, F.
Ntoumi, F.
Muyembe, F. M.
Ragomzingba, F. E. Z.
Dratibi, F. A.
Iyanu, F. A.
Mbunsu, G. K.
Thilliez, G.
Kay, G. L.
Akpede, G. O.
van Zyl, G. U.
Awandare, G. A.
Kpeli, G. S.
Schubert, G.
Maphalala, G. P.
Ranaivoson, H. C.
Omunakwe, H. E.
Onywera, H.
Abe, H.
Karray, H.
Nansumba, H.
Triki, H.
Kadjo, H. A. A.
Elgahzaly, H.
Gumbo, H.
Mathieu, H.
Kavunga-Membo, H.
Smeti, I.
Olawoye, I. B.
Adetifa, I. M. O.
Odia, I.
Ben Boubaker, I. B.
Muhammad, I. A.
Ssewanyana, I.
Wurie, I.
Konstantinus, I. S.
Halatoko, J. W. A.
Ayei, J.
Sonoo, J.
Makangara, J. C.
Tamfum, J. M.
Heraud, J. M.
Shaffer, J. G.
Giandhari, J.
Musyoki, J.
Nkurunziza, J.
Uwanibe, J. N.
Bhiman, J. N.
Yasuda, J.
Morais, J.
Kiconco, J.
Sandi, J. D.
Huddleston, J.
Odoom, J. K.
Morobe, J. M.
Gyapong, J. O.
Kayiwa, J. T.
Okolie, J. C.
Xavier, J. S.
Gyamfi, J.
Wamala, J. F.
Bonney, J. H. K.
Nyandwi, J.
Everatt, J.
Nakaseegu, J.
Ngoi, J. M.
Namulondo, J.
Oguzie, J. U.
Andeko, J. C.
Lutwama, J. J.
Mogga, J. J. H.
O'Grady, J.
Siddle, K. J.
Victoir, K.
Adeyemi, K. T.
Tumedi, K. A.
Carvalho, K. S.
Mohammed, K. S.
Dellagi, K.
Musonda, K. G.
Duedu, K. O.
Fki-Berrajah, L.
Singh, L.
Kepler, L. M.
Biscornet, L.
de Oliveira Martins, L.
Chabuka, L.
Olubayo, L.
Ojok, L. D.
Deng, L. L.
Ochola-Oyier, L. I.
Tyers, L.
Mine, M.
Ramuth, M.
Mastouri, M.
ElHefnawi, M.
Mbanne, M.
Matsheka, M. I.
Kebabonye, M.
Diop, M.
Momoh, M.
Lima Mendonca, M. D. L.
Venter, M.
Paye, M. F.
Faye, M.
Nyaga, M. M.
Mareka, M.
Damaris, M. M.
Mburu, M. W.
Mpina, M. G.
Owusu, M.
Wiley, M. R.
Tatfeng, M. Y.
Ayekaba, M. O.
Abouelhoda, M.
Beloufa, M. A.
Seadawy, M. G.
Khalifa, M. K.
Matobo, M. M.
Kane, M.
Salou, M.
Mbulawa, M. B.
Mwenda, M.
Allam, M.
Phan, M. V. T.
Abid, N.
Rujeni, N.
Abuzaid, N.
Ismael, N.
Elguindy, N.
Top, N. M.
Dia, N.
Mabunda, N.
Hsiao, N. Y.
Silochi, N. B.
Francisco, N. M.
Saasa, N.
Bbosa, N.
Murunga, N.
Gumede, N.
Wolter, N.
Sitharam, N.
Ndodo, N.
Ajayi, N. A.
Tordo, N.
Mbhele, N.
Razanajatovo, N. H.
Iguosadolo, N.
Mba, N.
Kingsley, O. C.
Sylvanus, O.
Femi, O.
Adewumi, O. M.
Testimony, O.
Ogunsanya, O. A.
Fakayode, O.
Ogah, O. E.
Oludayo, O. E.
Faye, O.
Smith-Lawrence, P.
Ondoa, P.
Combe, P.
Nabisubi, P.
Semanda, P.
Oluniyi, P. E.
Arnaldo, P.
Quashie, P. K.
Okokhere, P. O.
Bejon, P.
Dussart, P.
Bester, P. A.
Mbala, P. K.
Kaleebu, P.
Abechi, P.
El-Shesheny, R.
Joseph, R.
Aziz, R. K.
Essomba, R. G.
Ayivor-Djanie, R.
Njouom, R.
Phillips, R. O.
Gorman, R.
Kingsley, R. A.
Neto Rodrigues, Rmdesa
Audu, R. A.
Carr, R. A. A.
Gargouri, S.
Masmoudi, S.
Bootsma, S.
Sankhe, S.
Mohamed, S. I.
Femi, S.
Mhalla, S.
Hosch, S.
Kassim, S. K.
Metha, S.
Trabelsi, S.
Agwa, S. H.
Mwangi, S. W.
Doumbia, S.
Makiala-Mandanda, S.
Aryeetey, S.
Ahmed, S. S.
Ahmed, S. M.
Elhamoumi, S.
Moyo, S.
Lutucuta, S.
Gaseitsiwe, S.
Jalloh, S.
Andriamandimby, S. F.
Oguntope, S.
Grayo, S.
Lekana-Douki, S.
Prosolek, S.
Ouangraoua, S.
van Wyk, S.
Schaffner, S. F.
Kanyerezi, S.
Ahuka-Mundeke, S.
Rudder, S.
Pillay, S.
Nabadda, S.
Behillil, S.
Budiaki, S. L.
van der Werf, S.
Mashe, T.
Mohale, T.
Le-Viet, T.
Velavan, T. P.
Schindler, T.
Maponga, T. G.
Bedford, T.
Anyaneji, U. J.
Chinedu, U.
Ramphal, U.
George, U. E.
Enouf, V.
Nene, V.
Gorova, V.
Roshdy, W. H.
Karim, W. A.
Ampofo, W. K.
Preiser, W.
Choga, W. T.
Ahmed, Y. A.
Ramphal, Y.
Bediako, Y.
Naidoo, Y.
Butera, Y.
de Laurent, Z. R.
Africa Pathogen Genomics Initiative double, dagger
Ouma, A. E. O.
von Gottberg, A.
Githinji, G.
Moeti, M.
Tomori, O.
Sabeti, P. C.
Sall, A. A.
Oyola, S. O.
Tebeje, Y. K.
Tessema, S. K.
de Oliveira, T.
Happi, C.
Lessells, R.
Nkengasong, J.
Wilkinson, E.
Science, (2022). 378:eabq5358
Genomic Epidemiology of SARS-CoV-2 in Seychelles, 2020-2021.Morobe, J. M.
Pool, B.
Marie, L.
Didon, D.
Lambisia, A. W.
Makori, T.
Mohammed, K. S.
de Laurent, Z. R.
Ndwiga, L.
Mburu, M. W.
Moraa, E.
Murunga, N.
Musyoki, J.
Mwacharo, J.
Nyamako, L.
Riako, D.
Ephnatus, P.
Gambo, F.
Naimani, J.
Namulondo, J.
Tembo, S. Z.
Ogendi, E.
Balde, T.
Dratibi, F. A.
Yahaya, A. A.
Gumede, N.
Achilla, R. A.
Borus, P. K.
Wanjohi, D. W.
Tessema, S. K.
Mwangangi, J.
Bejon, P.
Nokes, D. J.
Ochola-Oyier, L. I.
Githinji, G.
Biscornet, L.
Agoti, C. N.
Viruses, (2022). 14:
Transmission networks of SARS-CoV-2 in Coastal Kenya during the first two waves: A retrospective genomic study.Agoti, C. N.
Ochola-Oyier, L. I.
Dellicour, S.
Mohammed, K. S.
Lambisia, A. W.
de Laurent, Z. R.
Morobe, J. M.
Mburu, M. W.
Omuoyo, D. O.
Ongera, E. M.
Ndwiga, L.
Maitha, E.
Kitole, B.
Suleiman, T.
Mwakinangu, M.
Nyambu, J. K.
Otieno, J.
Salim, B.
Musyoki, J.
Murunga, N.
Otieno, E.
Kiiru, J. N.
Kasera, K.
Amoth, P.
Mwangangi, M.
Aman, R.
Kinyanjui, S.
Warimwe, G.
Phan, M.
Agweyu, A.
Cotten, M.
Barasa, E.
Tsofa, B.
Nokes, D. J.
Bejon, P.
Githinji, G.
Elife, (2022). 11:
Incidence of chikungunya virus infections among Kenyan children with neurological disease, 2014-2018: A cohort study.Nyamwaya, D. K.
Otiende, M.
Mwango, L.
Kariuki, S. M.
Otieno, B.
Omuoyo, D. O.
Githinji, G.
Kitsao, B. S.
Karanja, H. K.
Gitonga, J. N.
de Laurent, Z. R.
Davies, A.
Mwarumba, S.
Agoti, C. N.
Thumbi, S. M.
Hamaluba, M. M.
Newton, C. R.
Bejon, P.
Warimwe, G. M.
PLoS Med, (2022). 19:e1003994
Epidemiology of COVID-19 infections on routine polymerase chain reaction (PCR) and serology testing in Coastal Kenya.Nyagwange, J.
Ndwiga, L.
Muteru, K.
Wamae, K.
Tuju, J.
Testing Team, C.
Kutima, B.
Gitonga, J.
Karanja, H.
Mugo, D.
Kasera, K.
Amoth, P.
Murunga, N.
Babu, L.
Otieno, E.
Githinji, G.
Nokes, D. J.
Tsofa, B.
Orindi, B.
Barasa, E.
Warimwe, G.
Agoti, C. N.
Bejon, P.
Ochola-Oyier, L. I.
Wellcome Open Res, (2022). 7:69
Optimization of the SARS-CoV-2 ARTIC Network V4 Primers and Whole Genome Sequencing Protocol.Lambisia, A. W.
Mohammed, K. S.
Makori, T. O.
Ndwiga, L.
Mburu, M. W.
Morobe, J. M.
Moraa, E. O.
Musyoki, J.
Murunga, N.
Mwangi, J. N.
Nokes, D. J.
Agoti, C. N.
Ochola-Oyier, L. I.
Githinji, G.
Front Med (Lausanne), (2022). 9:836728
A year of genomic surveillance reveals how the SARS-CoV-2 pandemic unfolded in Africa.Wilkinson, E.
Giovanetti, M.
Tegally, H.
San, J. E.
Lessells, R.
Cuadros, D.
Martin, D. P.
Rasmussen, D. A.
Zekri, A. N.
Sangare, A. K.
Ouedraogo, A. S.
Sesay, A. K.
Priscilla, A.
Kemi, A. S.
Olubusuyi, A. M.
Oluwapelumi, A. O. O.
Hammami, A.
Amuri, A. A.
Sayed, A.
Ouma, A. E. O.
Elargoubi, A.
Ajayi, N. A.
Victoria, A. F.
Kazeem, A.
George, A.
Trotter, A. J.
Yahaya, A. A.
Keita, A. K.
Diallo, A.
Kone, A.
Souissi, A.
Chtourou, A.
Gutierrez, A. V.
Page, A. J.
Vinze, A.
Iranzadeh, A.
Lambisia, A.
Ismail, A.
Rosemary, A.
Sylverken, A.
Femi, A.
Ibrahimi, A.
Marycelin, B.
Oderinde, B. S.
Bolajoko, B.
Dhaala, B.
Herring, B. L.
Njanpop-Lafourcade, B. M.
Kleinhans, B.
McInnis, B.
Tegomoh, B.
Brook, C.
Pratt, C. B.
Scheepers, C.
Akoua-Koffi, C. G.
Agoti, C. N.
Peyrefitte, C.
Daubenberger, C.
Morang'a, C. M.
Nokes, D. J.
Amoako, D. G.
Bugembe, D. L.
Park, D.
Baker, D.
Doolabh, D.
Ssemwanga, D.
Tshiabuila, D.
Bassirou, D.
Amuzu, D. S. Y.
Goedhals, D.
Omuoyo, D. O.
Maruapula, D.
Foster-Nyarko, E.
Lusamaki, E. K.
Simulundu, E.
Ong'era, E. M.
Ngabana, E. N.
Shumba, E.
El Fahime, E.
Lokilo, E.
Mukantwari, E.
Philomena, E.
Belarbi, E.
Simon-Loriere, E.
Anoh, E. A.
Leendertz, F.
Ajili, F.
Enoch, F. O.
Wasfi, F.
Abdelmoula, F.
Mosha, F. S.
Takawira, F. T.
Derrar, F.
Bouzid, F.
Onikepe, F.
Adeola, F.
Muyembe, F. M.
Tanser, F.
Dratibi, F. A.
Mbunsu, G. K.
Thilliez, G.
Kay, G. L.
Githinji, G.
van Zyl, G.
Awandare, G. A.
Schubert, G.
Maphalala, G. P.
Ranaivoson, H. C.
Lemriss, H.
Anise, H.
Abe, H.
Karray, H. H.
Nansumba, H.
Elgahzaly, H. A.
Gumbo, H.
Smeti, I.
Ayed, I. B.
Odia, I.
Ben Boubaker, I. B.
Gaaloul, I.
Gazy, I.
Mudau, I.
Ssewanyana, I.
Konstantinus, I.
Lekana-Douk, J. B.
Makangara, J. C.
Tamfum, J. M.
Heraud, J. M.
Shaffer, J. G.
Giandhari, J.
Li, J.
Yasuda, J.
Mends, J. Q.
Kiconco, J.
Morobe, J. M.
Gyapong, J. O.
Okolie, J. C.
Kayiwa, J. T.
Edwards, J. A.
Gyamfi, J.
Farah, J.
Nakaseegu, J.
Ngoi, J. M.
Namulondo, J.
Andeko, J. C.
Lutwama, J. J.
O'Grady, J.
Siddle, K.
Adeyemi, K. T.
Tumedi, K. A.
Said, K. M.
Hae-Young, K.
Duedu, K. O.
Belyamani, L.
Fki-Berrajah, L.
Singh, L.
Martins, L. O.
Tyers, L.
Ramuth, M.
Mastouri, M.
Aouni, M.
El Hefnawi, M.
Matsheka, M. I.
Kebabonye, M.
Diop, M.
Turki, M.
Paye, M.
Nyaga, M. M.
Mareka, M.
Damaris, M. M.
Mburu, M. W.
Mpina, M.
Nwando, M.
Owusu, M.
Wiley, M. R.
Youtchou, M. T.
Ayekaba, M. O.
Abouelhoda, M.
Seadawy, M. G.
Khalifa, M. K.
Sekhele, M.
Ouadghiri, M.
Diagne, M. M.
Mwenda, M.
Allam, M.
Phan, M. V. T.
Abid, N.
Touil, N.
Rujeni, N.
Kharrat, N.
Ismael, N.
Dia, N.
Mabunda, N.
Hsiao, N. Y.
Silochi, N. B.
Nsenga, N.
Gumede, N.
Mulder, N.
Ndodo, N.
Razanajatovo, N. H.
Iguosadolo, N.
Judith, O.
Kingsley, O. C.
Sylvanus, O.
Peter, O.
Femi, O.
Idowu, O.
Testimony, O.
Chukwuma, O. E.
Ogah, O. E.
Onwuamah, C. K.
Cyril, O.
Faye, O.
Tomori, O.
Ondoa, P.
Combe, P.
Semanda, P.
Oluniyi, P. E.
Arnaldo, P.
Quashie, P. K.
Dussart, P.
Bester, P. A.
Mbala, P. K.
Ayivor-Djanie, R.
Njouom, R.
Phillips, R. O.
Gorman, R.
Kingsley, R. A.
Carr, R. A. A.
El Kabbaj, S.
Gargouri, S.
Masmoudi, S.
Sankhe, S.
Lawal, S. B.
Kassim, S.
Trabelsi, S.
Metha, S.
Kammoun, S.
Lemriss, S.
Agwa, S. H. A.
Calvignac-Spencer, S.
Schaffner, S. F.
Doumbia, S.
Mandanda, S. M.
Aryeetey, S.
Ahmed, S. S.
Elhamoumi, S.
Andriamandimby, S.
Tope, S.
Lekana-Douki, S.
Prosolek, S.
Ouangraoua, S.
Mundeke, S. A.
Rudder, S.
Panji, S.
Pillay, S.
Engelbrecht, S.
Nabadda, S.
Behillil, S.
Budiaki, S. L.
van der Werf, S.
Mashe, T.
Aanniz, T.
Mohale, T.
Le-Viet, T.
Schindler, T.
Anyaneji, U. J.
Chinedu, U.
Ramphal, U.
Jessica, U.
George, U.
Fonseca, V.
Enouf, V.
Gorova, V.
Roshdy, W. H.
Ampofo, W. K.
Preiser, W.
Choga, W. T.
Bediako, Y.
Naidoo, Y.
Butera, Y.
de Laurent, Z. R.
Sall, A. A.
Rebai, A.
von Gottberg, A.
Kouriba, B.
Williamson, C.
Bridges, D. J.
Chikwe, I.
Bhiman, J. N.
Mine, M.
Cotten, M.
Moyo, S.
Gaseitsiwe, S.
Saasa, N.
Sabeti, P. C.
Kaleebu, P.
Tebeje, Y. K.
Tessema, S. K.
Happi, C.
Nkengasong, J.
de Oliveira, T.
Science, (2021). 374:423-431
COVID-19 transmission dynamics underlying epidemic waves in Kenya.Brand, S. P. C.
Ojal, J.
Aziza, R.
Were, V.
Okiro, E. A.
Kombe, I. K.
Mburu, C.
Ogero, M.
Agweyu, A.
Warimwe, G. M.
Nyagwange, J.
Karanja, H.
Gitonga, J. N.
Mugo, D.
Uyoga, S.
Adetifa, I. M. O.
Scott, J. A. G.
Otieno, E.
Murunga, N.
Otiende, M.
Ochola-Oyier, L. I.
Agoti, C. N.
Githinji, G.
Kasera, K.
Amoth, P.
Mwangangi, M.
Aman, R.
Ng'ang'a, W.
Tsofa, B.
Bejon, P.
Keeling, M. J.
Nokes, D. J.
Barasa, E.
Science, (2021). 374:989-994
Tracking the introduction and spread of SARS-CoV-2 in coastal Kenya.Githinji, G.
de Laurent, Z. R.
Mohammed, K. S.
Omuoyo, D. O.
Macharia, P. M.
Morobe, J. M.
Otieno, E.
Kinyanjui, S. M.
Agweyu, A.
Maitha, E.
Kitole, B.
Suleiman, T.
Mwakinangu, M.
Nyambu, J.
Otieno, J.
Salim, B.
Kasera, K.
Kiiru, J.
Aman, R.
Barasa, E.
Warimwe, G.
Bejon, P.
Tsofa, B.
Ochola-Oyier, L. I.
Nokes, D. J.
Agoti, C. N.
Nat Commun, (2021). 12:4809
The Plasmodium falciparum Rh5 invasion protein complex reveals an excess of rare variant mutations.Ndwiga, L.
Osoti, V.
Ochwedo, K. O.
Wamae, K.
Bejon, P.
Rayner, J. C.
Githinji, G.
Ochola-Oyier, L. I.
Malar J, (2021). 20:278
Endemic chikungunya fever in Kenyan children: a prospective cohort study.Nyamwaya, D. K.
Otiende, M.
Omuoyo, D. O.
Githinji, G.
Karanja, H. K.
Gitonga, J. N.
R. de Laurent Z
Otieno, J. R.
Sang, R.
Kamau, E.
Cheruiyot, S.
Otieno, E.
Agoti, C. N.
Bejon, P.
Thumbi, S. M.
Warimwe, G. M.
BMC Infect Dis, (2021). 21:186
The utility of Escherichia coli as a contamination indicator for rural drinking water: Evidence from whole genome sequencing.Nowicki, S.
deLaurent, Z. R.
de Villiers, E. P.
Githinji, G.
Charles, K. J.
PLoS One, (2021). 16:e0245910
Characteristics of SARS-CoV-2 infections in households in rural coastal Kenya: a prospective genomic study..Agoti, C.N.
Nyiro, J.
Murunga, N.
Lambisia, A.W.
Mohammed, K.S.
de Laurent, Z.R.
Morobe, J.M.
Mburu, M.W.
Ndwiga, L.
Ongera, E.M.
Makori, T.
Musyoki, J.
Mwangangi, J.
Tsofa, B.
Ochola-Oyier, L. I.
Bejon, P.
Githinji, G.
Nokes , D. J.
Gallagher, K. E.
1st International Conference on Public Health in Africa (CPHIA-2021), (2021). :
Genomic surveillance of SARS-CoV-2 in Kenya: March 2020-October 2021..Githinji, G.
Lambisia, W. A.
Mohamed, K. S.
Morobe, M. J.
de Laurent, Z. R.
Mburu, W. M.
Ongera, M. E.
Omuoyo, O. D.
Ndwiga, L.
Otieno, E.
Murunga, N.
Musyoki, J.
KWTRP COVID Testing Team.
Kilifi Rapid Response Team.
Kiiru, J.
Kasera, K.
Amoth, P.
Mwangangi, M.
Aman, R.
Kinyanjui, S.
Warimwe, G. M.
Agweyu, A.
Barasa, E.
Tsofa, B.
Mwangangi, J.
Matoke, D.
Nokes, D. J.
Bejon, P.
Ochola-Oyier, L. I.
Agoti, C. N.
1st International Conference on Public Health in Africa (CPHIA-2021), (2021). :
Epidemiological and evolutionary dynamics of influenza B virus in coastal Kenya as revealed by genomic analysis of strains sampled over a single season.Nyasimi, F. M.
Owuor, D. C.
Ngoi, J. M.
Mwihuri, A. G.
Otieno, G. P.
Otieno, J. R.
Githinji, G.
Nyiro, J. U.
Nokes, D. J.
Agoti, C. N.
Virus Evol, (2020). 6:veaa045
Exploring Plasmodium falciparum Var Gene Expression to Assess Host Selection Pressure on Parasites During Infancy.Kivisi, C. A.
Muthui, M.
Hunt, M.
Fegan, G.
Otto, T. D.
Githinji, G.
Warimwe, G. M.
Rance, R.
Marsh, K.
Bull, P. C.
Abdi, A. I.
Front Immunol, (2019). 10:2328
Genomic analysis of respiratory syncytial virus infections in households and utility in inferring who infects the infant.Agoti, C. N.
Phan, M. V. T.
Munywoki, P. K.
Githinji, G.
Medley, G. F.
Cane, P. A.
Kellam, P.
Cotten, M.
Nokes, D. J.
Sci Rep, (2019). 9:10076