James Nokes

Serum immunoglobulin G and mucosal immunoglobulin A antibodies from prepandemic samples collected in Kilifi, Kenya, neutralize SARS-CoV-2 in vitro.Nyagwange, J. Kutima, B. Mwai, K. Karanja, H. K. Gitonga, J. N. Mugo, D. Sein, Y. Wright, D. Omuoyo, D. O. Nyiro, J. U. Tuju, J. Nokes, D. J. Agweyu, A. Bejon, P. Ochola-Oyier, L. I. Scott, J. A. G. Lambe, T. Nduati, E. Agoti, C. Warimwe, G. M.
Int J Infect Dis, (2023). 127:11-16

Drivers of respiratory syncytial virus seasonal epidemics in children under 5 years in Kilifi, coastal Kenya.Wambua, J. Munywoki, P. K. Coletti, P. Nyawanda, B. O. Murunga, N. Nokes, D. J. Hens, N.
PLoS One, (2022). 17:e0278066

Identifying the research, advocacy, policy and implementation needs for the prevention and management of respiratory syncytial virus lower respiratory tract infection in low- and middle-income countries.Carbonell-Estrany, X. Simoes, E. A. F. Bont, L. J. Gentile, A. Homaira, N. Scotta, M. C. Stein, R. T. Torres, J. P. Sheikh, J. Broor, S. Khuri-Bulos, N. Nokes, D. J. Munywoki, P. K. Bassat, Q. Sharma, A. K. Basnet, S. Garba, M. De Jesus-Cornejo, J. Lupisan, S. P. Nunes, M. C. Divarathna, M. Fullarton, J. R. Rodgers-Gray, B. S. Keary, I. Renosa, M. D. C. Verwey, C. Moore, D. P. Noordeen, F. Kabra, S. do Vale, M. S. Paternina-De La Ossa, R. Marino, C. Figueras-Aloy, J. Krilov, L. Berezin, E. Zar, H. J. Paudel, K. Safadi, M. A. P. Dbaibo, G. Jroundi, I. Jha, R. Rafeek, R. A. M. Pinheiro, R. S. Bracht, M. Muthugala, R. Lanari, M. Martinon-Torres, F. Mitchell, I. Irimu, G. Pandey, A. Krishnan, A. Mejias, A. da Costa, M. S. C. Shrestha, S. Pernica, J. M. de Carvalho, F. C. Jalango, R. E. Ibrahim, H. Ewa, A. Ensinck, G. Ulloa-Gutierrez, R. Miralha, A. L. Lucion, M. F. Hassan, M. Z. Akhtar, Z. Aleem, M. A. Chowdhury, F. Rojo, P. Sande, C. Musau, A. Zaman, K. Helena, L. Arlant, F. Ghimire, P. Price, A. Subedi, K. U. Brenes-Chacon, H. Goswami, D. R. Rahman, M. Z. Hossain, M. E. Chisti, M. J. Vain, N. E. Lim, A. Chiu, A. Papenburg, J. Juarez, M. D. V. Senaratne, T. Arunasalam, S. Strand, T. A. Ayuk, A. Ogunrinde, O. Tavares, L. V. S. Garba, C. Garba, B. I. Dawa, J. Gordon, M. Osoro, E. Agoti, C. N. Nyawanda, B. Ngama, M. Tabu, C. Mathew, J. L. Cornacchia, A. Rai, G. K. Jain, A. Giongo, M. S. Paes, B. A.
Front Pediatr, (2022). 10:1033125

Revealing the extent of the first wave of the COVID-19 pandemic in Kenya based on serological and PCR-test data.Ojal, J. Brand, S. P. C. Were, V. Okiro, E. A. Kombe, I. K. Mburu, C. Aziza, R. Ogero, M. Agweyu, A. Warimwe, G. M. Uyoga, S. Adetifa, I. M. O. Scott, J. A. G. Otieno, E. Ochola-Oyier, L. I. Agoti, C. N. Kasera, K. Amoth, P. Mwangangi, M. Aman, R. Ng'ang'a, W. Tsofa, B. Bejon, P. Barasa, E. Keeling, M. J. Nokes, D. J.
Wellcome Open Res, (2022). 6:127

The evolving SARS-CoV-2 epidemic in Africa: Insights from rapidly expanding genomic surveillance.Tegally, H. San, J. E. Cotten, M. Moir, M. Tegomoh, B. Mboowa, G. Martin, D. P. Baxter, C. Lambisia, A. W. Diallo, A. Amoako, D. G. Diagne, M. M. Sisay, A. Zekri, A. N. Gueye, A. S. Sangare, A. K. Ouedraogo, A. S. Sow, A. Musa, A. O. Sesay, A. K. Abias, A. G. Elzagheid, A. I. Lagare, A. Kemi, A. S. Abar, A. E. Johnson, A. A. Fowotade, A. Oluwapelumi, A. O. Amuri, A. A. Juru, A. Kandeil, A. Mostafa, A. Rebai, A. Sayed, A. Kazeem, A. Balde, A. Christoffels, A. Trotter, A. J. Campbell, A. Keita, A. K. Kone, A. Bouzid, A. Souissi, A. Agweyu, A. Naguib, A. Gutierrez, A. V. Nkeshimana, A. Page, A. J. Yadouleton, A. Vinze, A. Happi, A. N. Chouikha, A. Iranzadeh, A. Maharaj, A. Batchi-Bouyou, A. L. Ismail, A. Sylverken, A. A. Goba, A. Femi, A. Sijuwola, A. E. Marycelin, B. Salako, B. L. Oderinde, B. S. Bolajoko, B. Diarra, B. Herring, B. L. Tsofa, B. Lekana-Douki, B. Mvula, B. Njanpop-Lafourcade, B. M. Marondera, B. T. Khaireh, B. A. Kouriba, B. Adu, B. Pool, B. McInnis, B. Brook, C. Williamson, C. Nduwimana, C. Anscombe, C. Pratt, C. B. Scheepers, C. Akoua-Koffi, C. G. Agoti, C. N. Mapanguy, C. M. Loucoubar, C. Onwuamah, C. K. Ihekweazu, C. Malaka, C. N. Peyrefitte, C. Grace, C. Omoruyi, C. E. Rafai, C. D. Morang'a, C. M. Erameh, C. Lule, D. B. Bridges, D. J. Mukadi-Bamuleka, D. Park, D. Rasmussen, D. A. Baker, D. Nokes, D. J. Ssemwanga, D. Tshiabuila, D. Amuzu, D. S. Y. Goedhals, D. Grant, D. S. Omuoyo, D. O. Maruapula, D. Wanjohi, D. W. Foster-Nyarko, E. Lusamaki, E. K. Simulundu, E. Ong'era, E. M. Ngabana, E. N. Abworo, E. O. Otieno, E. Shumba, E. Barasa, E. Ahmed, E. B. Ahmed, E. A. Lokilo, E. Mukantwari, E. Philomena, E. Belarbi, E. Simon-Loriere, E. Anoh, E. A. Manuel, E. Leendertz, F. Taweh, F. M. Wasfi, F. Abdelmoula, F. Takawira, F. T. Derrar, F. Ajogbasile, F. V. Treurnicht, F. Onikepe, F. Ntoumi, F. Muyembe, F. M. Ragomzingba, F. E. Z. Dratibi, F. A. Iyanu, F. A. Mbunsu, G. K. Thilliez, G. Kay, G. L. Akpede, G. O. van Zyl, G. U. Awandare, G. A. Kpeli, G. S. Schubert, G. Maphalala, G. P. Ranaivoson, H. C. Omunakwe, H. E. Onywera, H. Abe, H. Karray, H. Nansumba, H. Triki, H. Kadjo, H. A. A. Elgahzaly, H. Gumbo, H. Mathieu, H. Kavunga-Membo, H. Smeti, I. Olawoye, I. B. Adetifa, I. M. O. Odia, I. Ben Boubaker, I. B. Muhammad, I. A. Ssewanyana, I. Wurie, I. Konstantinus, I. S. Halatoko, J. W. A. Ayei, J. Sonoo, J. Makangara, J. C. Tamfum, J. M. Heraud, J. M. Shaffer, J. G. Giandhari, J. Musyoki, J. Nkurunziza, J. Uwanibe, J. N. Bhiman, J. N. Yasuda, J. Morais, J. Kiconco, J. Sandi, J. D. Huddleston, J. Odoom, J. K. Morobe, J. M. Gyapong, J. O. Kayiwa, J. T. Okolie, J. C. Xavier, J. S. Gyamfi, J. Wamala, J. F. Bonney, J. H. K. Nyandwi, J. Everatt, J. Nakaseegu, J. Ngoi, J. M. Namulondo, J. Oguzie, J. U. Andeko, J. C. Lutwama, J. J. Mogga, J. J. H. O'Grady, J. Siddle, K. J. Victoir, K. Adeyemi, K. T. Tumedi, K. A. Carvalho, K. S. Mohammed, K. S. Dellagi, K. Musonda, K. G. Duedu, K. O. Fki-Berrajah, L. Singh, L. Kepler, L. M. Biscornet, L. de Oliveira Martins, L. Chabuka, L. Olubayo, L. Ojok, L. D. Deng, L. L. Ochola-Oyier, L. I. Tyers, L. Mine, M. Ramuth, M. Mastouri, M. ElHefnawi, M. Mbanne, M. Matsheka, M. I. Kebabonye, M. Diop, M. Momoh, M. Lima Mendonca, M. D. L. Venter, M. Paye, M. F. Faye, M. Nyaga, M. M. Mareka, M. Damaris, M. M. Mburu, M. W. Mpina, M. G. Owusu, M. Wiley, M. R. Tatfeng, M. Y. Ayekaba, M. O. Abouelhoda, M. Beloufa, M. A. Seadawy, M. G. Khalifa, M. K. Matobo, M. M. Kane, M. Salou, M. Mbulawa, M. B. Mwenda, M. Allam, M. Phan, M. V. T. Abid, N. Rujeni, N. Abuzaid, N. Ismael, N. Elguindy, N. Top, N. M. Dia, N. Mabunda, N. Hsiao, N. Y. Silochi, N. B. Francisco, N. M. Saasa, N. Bbosa, N. Murunga, N. Gumede, N. Wolter, N. Sitharam, N. Ndodo, N. Ajayi, N. A. Tordo, N. Mbhele, N. Razanajatovo, N. H. Iguosadolo, N. Mba, N. Kingsley, O. C. Sylvanus, O. Femi, O. Adewumi, O. M. Testimony, O. Ogunsanya, O. A. Fakayode, O. Ogah, O. E. Oludayo, O. E. Faye, O. Smith-Lawrence, P. Ondoa, P. Combe, P. Nabisubi, P. Semanda, P. Oluniyi, P. E. Arnaldo, P. Quashie, P. K. Okokhere, P. O. Bejon, P. Dussart, P. Bester, P. A. Mbala, P. K. Kaleebu, P. Abechi, P. El-Shesheny, R. Joseph, R. Aziz, R. K. Essomba, R. G. Ayivor-Djanie, R. Njouom, R. Phillips, R. O. Gorman, R. Kingsley, R. A. Neto Rodrigues, Rmdesa Audu, R. A. Carr, R. A. A. Gargouri, S. Masmoudi, S. Bootsma, S. Sankhe, S. Mohamed, S. I. Femi, S. Mhalla, S. Hosch, S. Kassim, S. K. Metha, S. Trabelsi, S. Agwa, S. H. Mwangi, S. W. Doumbia, S. Makiala-Mandanda, S. Aryeetey, S. Ahmed, S. S. Ahmed, S. M. Elhamoumi, S. Moyo, S. Lutucuta, S. Gaseitsiwe, S. Jalloh, S. Andriamandimby, S. F. Oguntope, S. Grayo, S. Lekana-Douki, S. Prosolek, S. Ouangraoua, S. van Wyk, S. Schaffner, S. F. Kanyerezi, S. Ahuka-Mundeke, S. Rudder, S. Pillay, S. Nabadda, S. Behillil, S. Budiaki, S. L. van der Werf, S. Mashe, T. Mohale, T. Le-Viet, T. Velavan, T. P. Schindler, T. Maponga, T. G. Bedford, T. Anyaneji, U. J. Chinedu, U. Ramphal, U. George, U. E. Enouf, V. Nene, V. Gorova, V. Roshdy, W. H. Karim, W. A. Ampofo, W. K. Preiser, W. Choga, W. T. Ahmed, Y. A. Ramphal, Y. Bediako, Y. Naidoo, Y. Butera, Y. de Laurent, Z. R. Africa Pathogen Genomics Initiative double, dagger Ouma, A. E. O. von Gottberg, A. Githinji, G. Moeti, M. Tomori, O. Sabeti, P. C. Sall, A. A. Oyola, S. O. Tebeje, Y. K. Tessema, S. K. de Oliveira, T. Happi, C. Lessells, R. Nkengasong, J. Wilkinson, E.
Science, (2022). 378:eabq5358

A computational framework for modelling infectious disease policy based on age and household structure with applications to the COVID-19 pandemic.Hilton, J. Riley, H. Pellis, L. Aziza, R. Brand, S. P. C. K. Kombe I Ojal, J. Parisi, A. Keeling, M. J. Nokes, D. J. Manson-Sawko, R. House, T.
PLoS Comput Biol, (2022). 18:e1010390

Differences in epidemiology of enteropathogens in children pre- and post-rotavirus vaccine introduction in Kilifi, coastal Kenya.Agoti, C. N. Curran, M. D. Murunga, N. Ngari, M. Muthumbi, E. Lambisia, A. W. Frost, S. D. W. Blacklaws, B. A. Nokes, D. J. Drumright, L. N.
Gut Pathog, (2022). 14:32

Epidemiological impact and cost-effectiveness analysis of COVID-19 vaccination in Kenya.Orangi, S. Ojal, J. Brand, S. P. Orlendo, C. Kairu, A. Aziza, R. Ogero, M. Agweyu, A. Warimwe, G. M. Uyoga, S. Otieno, E. Ochola-Oyier, L. I. Agoti, C. N. Kasera, K. Amoth, P. Mwangangi, M. Aman, R. Ng'ang'a, W. Adetifa, I. M. Scott, J. A. G. Bejon, P. Keeling, M. J. Flasche, S. Nokes, D. J. Barasa, E.
BMJ Glob Health, (2022). 7:

Genomic Epidemiology of SARS-CoV-2 in Seychelles, 2020-2021.Morobe, J. M. Pool, B. Marie, L. Didon, D. Lambisia, A. W. Makori, T. Mohammed, K. S. de Laurent, Z. R. Ndwiga, L. Mburu, M. W. Moraa, E. Murunga, N. Musyoki, J. Mwacharo, J. Nyamako, L. Riako, D. Ephnatus, P. Gambo, F. Naimani, J. Namulondo, J. Tembo, S. Z. Ogendi, E. Balde, T. Dratibi, F. A. Yahaya, A. A. Gumede, N. Achilla, R. A. Borus, P. K. Wanjohi, D. W. Tessema, S. K. Mwangangi, J. Bejon, P. Nokes, D. J. Ochola-Oyier, L. I. Githinji, G. Biscornet, L. Agoti, C. N.
Viruses, (2022). 14:

Transmission networks of SARS-CoV-2 in Coastal Kenya during the first two waves: A retrospective genomic study.Agoti, C. N. Ochola-Oyier, L. I. Dellicour, S. Mohammed, K. S. Lambisia, A. W. de Laurent, Z. R. Morobe, J. M. Mburu, M. W. Omuoyo, D. O. Ongera, E. M. Ndwiga, L. Maitha, E. Kitole, B. Suleiman, T. Mwakinangu, M. Nyambu, J. K. Otieno, J. Salim, B. Musyoki, J. Murunga, N. Otieno, E. Kiiru, J. N. Kasera, K. Amoth, P. Mwangangi, M. Aman, R. Kinyanjui, S. Warimwe, G. Phan, M. Agweyu, A. Cotten, M. Barasa, E. Tsofa, B. Nokes, D. J. Bejon, P. Githinji, G.
Elife, (2022). 11:

Global, regional, and national disease burden estimates of acute lower respiratory infections due to respiratory syncytial virus in children younger than 5 years in 2019: a systematic analysis.Li, Y. Wang, X. Blau, D. M. Caballero, M. T. Feikin, D. R. Gill, C. J. Madhi, S. A. Omer, S. B. Simoes, E. A. F. Campbell, H. Pariente, A. B. Bardach, D. Bassat, Q. Casalegno, J. S. Chakhunashvili, G. Crawford, N. Danilenko, D. Do, L. A. H. Echavarria, M. Gentile, A. Gordon, A. Heikkinen, T. Huang, Q. S. Jullien, S. Krishnan, A. Lopez, E. L. Markic, J. Mira-Iglesias, A. Moore, H. C. Moyes, J. Mwananyanda, L. Nokes, D. J. Noordeen, F. Obodai, E. Palani, N. Romero, C. Salimi, V. Satav, A. Seo, E. Shchomak, Z. Singleton, R. Stolyarov, K. Stoszek, S. K. von Gottberg, A. Wurzel, D. Yoshida, L. M. Yung, C. F. Zar, H. J. Respiratory Virus Global Epidemiology, Network Nair, H. Resceu investigators
Lancet, (2022). 399:2047-2064

Epidemiology of COVID-19 infections on routine polymerase chain reaction (PCR) and serology testing in Coastal Kenya.Nyagwange, J. Ndwiga, L. Muteru, K. Wamae, K. Tuju, J. Testing Team, C. Kutima, B. Gitonga, J. Karanja, H. Mugo, D. Kasera, K. Amoth, P. Murunga, N. Babu, L. Otieno, E. Githinji, G. Nokes, D. J. Tsofa, B. Orindi, B. Barasa, E. Warimwe, G. Agoti, C. N. Bejon, P. Ochola-Oyier, L. I.
Wellcome Open Res, (2022). 7:69

Efficiency of transplacental transfer of respiratory syncytial virus (RSV) specific antibodies among pregnant women in Kenya.Nyiro, J. U. Bukusi, E. Mwaengo, D. Nyaguara, A. Nyawanda, B. Otieno, N. Bigogo, G. Murunga, N. Widdowson, M. A. Verani, J. R. Chaves, S. S. Mwangudza, H. Odundo, C. Berkley, J. A. Nokes, D. J. Munywoki, P. K.
Wellcome Open Res, (2022). 7:43

Optimization of the SARS-CoV-2 ARTIC Network V4 Primers and Whole Genome Sequencing Protocol.Lambisia, A. W. Mohammed, K. S. Makori, T. O. Ndwiga, L. Mburu, M. W. Morobe, J. M. Moraa, E. O. Musyoki, J. Murunga, N. Mwangi, J. N. Nokes, D. J. Agoti, C. N. Ochola-Oyier, L. I. Githinji, G.
Front Med (Lausanne), (2022). 9:836728

Identification of missed viruses by metagenomic sequencing of clinical respiratory samples from Kenya.Phan, M. V. T. Agoti, C. N. Munywoki, P. K. Otieno, G. P. Ngama, M. Kellam, P. Cotten, M. Nokes, D. J.
Sci Rep, (2022). 12:202

Spatial-temporal distribution and sequence diversity of group a human respiratory syncytial viruses in Kenya preceding the emergence of ON1 genotype.Wangui, J. Nokes, D. J. Mobegi, V. A. Otieno, J. R. Agoti, C. N. Ngeranwa, J. J. N. Bulimo, W. D.
Influenza Other Respir Viruses, (2022). 16:501-510

Seroprevalence of Antibodies to Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Among Healthcare Workers in Kenya.Etyang, A. O. Lucinde, R. Karanja, H. Kalu, C. Mugo, D. Nyagwange, J. Gitonga, J. Tuju, J. Wanjiku, P. Karani, A. Mutua, S. Maroko, H. Nzomo, E. Maitha, E. Kamuri, E. Kaugiria, T. Weru, J. Ochola, L. B. Kilimo, N. Charo, S. Emukule, N. Moracha, W. Mukabi, D. Okuku, R. Ogutu, M. Angujo, B. Otiende, M. Bottomley, C. Otieno, E. Ndwiga, L. Nyaguara, A. Voller, S. Agoti, C. N. Nokes, D. J. Ochola-Oyier, L. I. Aman, R. Amoth, P. Mwangangi, M. Kasera, K. Ng'ang'a, W. Adetifa, I. M. O. Wangeci Kagucia, E. Gallagher, K. Uyoga, S. Tsofa, B. Barasa, E. Bejon, P. Scott, J. A. G. Agweyu, A. Warimwe, G. M.
Clin Infect Dis, (2022). 74:288-293

Individual's daily behaviour and intergenerational mixing in different social contexts of Kenya.Del Fava, E. Adema, I. Kiti, M. C. Poletti, P. Merler, S. Nokes, D. J. Manfredi, P. Melegaro, A.
Sci Rep, (2021). 11:21589

Quantifying previous SARS-CoV-2 infection through mixture modelling of antibody levels.Bottomley, C. Otiende, M. Uyoga, S. Gallagher, K. Kagucia, E. W. Etyang, A. O. Mugo, D. Gitonga, J. Karanja, H. Nyagwange, J. Adetifa, I. M. O. Agweyu, A. Nokes, D. J. Warimwe, G. M. Scott, J. A. G.
Nat Commun, (2021). 12:6196

Characterizing the Countrywide Epidemic Spread of Influenza A(H1N1)pdm09 Virus in Kenya between 2009 and 2018.Owuor, D. C. de Laurent, Z. R. Kikwai, G. K. Mayieka, L. M. Ochieng, M. Muller, N. F. Otieno, N. A. Emukule, G. O. Hunsperger, E. A. Garten, R. Barnes, J. R. Chaves, S. S. Nokes, D. J. Agoti, C. N.
Viruses, (2021). 13: