James Nokes

A year of genomic surveillance reveals how the SARS-CoV-2 pandemic unfolded in Africa.Wilkinson, E. Giovanetti, M. Tegally, H. San, J. E. Lessells, R. Cuadros, D. Martin, D. P. Rasmussen, D. A. Zekri, A. N. Sangare, A. K. Ouedraogo, A. S. Sesay, A. K. Priscilla, A. Kemi, A. S. Olubusuyi, A. M. Oluwapelumi, A. O. O. Hammami, A. Amuri, A. A. Sayed, A. Ouma, A. E. O. Elargoubi, A. Ajayi, N. A. Victoria, A. F. Kazeem, A. George, A. Trotter, A. J. Yahaya, A. A. Keita, A. K. Diallo, A. Kone, A. Souissi, A. Chtourou, A. Gutierrez, A. V. Page, A. J. Vinze, A. Iranzadeh, A. Lambisia, A. Ismail, A. Rosemary, A. Sylverken, A. Femi, A. Ibrahimi, A. Marycelin, B. Oderinde, B. S. Bolajoko, B. Dhaala, B. Herring, B. L. Njanpop-Lafourcade, B. M. Kleinhans, B. McInnis, B. Tegomoh, B. Brook, C. Pratt, C. B. Scheepers, C. Akoua-Koffi, C. G. Agoti, C. N. Peyrefitte, C. Daubenberger, C. Morang'a, C. M. Nokes, D. J. Amoako, D. G. Bugembe, D. L. Park, D. Baker, D. Doolabh, D. Ssemwanga, D. Tshiabuila, D. Bassirou, D. Amuzu, D. S. Y. Goedhals, D. Omuoyo, D. O. Maruapula, D. Foster-Nyarko, E. Lusamaki, E. K. Simulundu, E. Ong'era, E. M. Ngabana, E. N. Shumba, E. El Fahime, E. Lokilo, E. Mukantwari, E. Philomena, E. Belarbi, E. Simon-Loriere, E. Anoh, E. A. Leendertz, F. Ajili, F. Enoch, F. O. Wasfi, F. Abdelmoula, F. Mosha, F. S. Takawira, F. T. Derrar, F. Bouzid, F. Onikepe, F. Adeola, F. Muyembe, F. M. Tanser, F. Dratibi, F. A. Mbunsu, G. K. Thilliez, G. Kay, G. L. Githinji, G. van Zyl, G. Awandare, G. A. Schubert, G. Maphalala, G. P. Ranaivoson, H. C. Lemriss, H. Anise, H. Abe, H. Karray, H. H. Nansumba, H. Elgahzaly, H. A. Gumbo, H. Smeti, I. Ayed, I. B. Odia, I. Ben Boubaker, I. B. Gaaloul, I. Gazy, I. Mudau, I. Ssewanyana, I. Konstantinus, I. Lekana-Douk, J. B. Makangara, J. C. Tamfum, J. M. Heraud, J. M. Shaffer, J. G. Giandhari, J. Li, J. Yasuda, J. Mends, J. Q. Kiconco, J. Morobe, J. M. Gyapong, J. O. Okolie, J. C. Kayiwa, J. T. Edwards, J. A. Gyamfi, J. Farah, J. Nakaseegu, J. Ngoi, J. M. Namulondo, J. Andeko, J. C. Lutwama, J. J. O'Grady, J. Siddle, K. Adeyemi, K. T. Tumedi, K. A. Said, K. M. Hae-Young, K. Duedu, K. O. Belyamani, L. Fki-Berrajah, L. Singh, L. Martins, L. O. Tyers, L. Ramuth, M. Mastouri, M. Aouni, M. El Hefnawi, M. Matsheka, M. I. Kebabonye, M. Diop, M. Turki, M. Paye, M. Nyaga, M. M. Mareka, M. Damaris, M. M. Mburu, M. W. Mpina, M. Nwando, M. Owusu, M. Wiley, M. R. Youtchou, M. T. Ayekaba, M. O. Abouelhoda, M. Seadawy, M. G. Khalifa, M. K. Sekhele, M. Ouadghiri, M. Diagne, M. M. Mwenda, M. Allam, M. Phan, M. V. T. Abid, N. Touil, N. Rujeni, N. Kharrat, N. Ismael, N. Dia, N. Mabunda, N. Hsiao, N. Y. Silochi, N. B. Nsenga, N. Gumede, N. Mulder, N. Ndodo, N. Razanajatovo, N. H. Iguosadolo, N. Judith, O. Kingsley, O. C. Sylvanus, O. Peter, O. Femi, O. Idowu, O. Testimony, O. Chukwuma, O. E. Ogah, O. E. Onwuamah, C. K. Cyril, O. Faye, O. Tomori, O. Ondoa, P. Combe, P. Semanda, P. Oluniyi, P. E. Arnaldo, P. Quashie, P. K. Dussart, P. Bester, P. A. Mbala, P. K. Ayivor-Djanie, R. Njouom, R. Phillips, R. O. Gorman, R. Kingsley, R. A. Carr, R. A. A. El Kabbaj, S. Gargouri, S. Masmoudi, S. Sankhe, S. Lawal, S. B. Kassim, S. Trabelsi, S. Metha, S. Kammoun, S. Lemriss, S. Agwa, S. H. A. Calvignac-Spencer, S. Schaffner, S. F. Doumbia, S. Mandanda, S. M. Aryeetey, S. Ahmed, S. S. Elhamoumi, S. Andriamandimby, S. Tope, S. Lekana-Douki, S. Prosolek, S. Ouangraoua, S. Mundeke, S. A. Rudder, S. Panji, S. Pillay, S. Engelbrecht, S. Nabadda, S. Behillil, S. Budiaki, S. L. van der Werf, S. Mashe, T. Aanniz, T. Mohale, T. Le-Viet, T. Schindler, T. Anyaneji, U. J. Chinedu, U. Ramphal, U. Jessica, U. George, U. Fonseca, V. Enouf, V. Gorova, V. Roshdy, W. H. Ampofo, W. K. Preiser, W. Choga, W. T. Bediako, Y. Naidoo, Y. Butera, Y. de Laurent, Z. R. Sall, A. A. Rebai, A. von Gottberg, A. Kouriba, B. Williamson, C. Bridges, D. J. Chikwe, I. Bhiman, J. N. Mine, M. Cotten, M. Moyo, S. Gaseitsiwe, S. Saasa, N. Sabeti, P. C. Kaleebu, P. Tebeje, Y. K. Tessema, S. K. Happi, C. Nkengasong, J. de Oliveira, T.
Science, (2021). 374:423-431

COVID-19 transmission dynamics underlying epidemic waves in Kenya.Brand, S. P. C. Ojal, J. Aziza, R. Were, V. Okiro, E. A. Kombe, I. K. Mburu, C. Ogero, M. Agweyu, A. Warimwe, G. M. Nyagwange, J. Karanja, H. Gitonga, J. N. Mugo, D. Uyoga, S. Adetifa, I. M. O. Scott, J. A. G. Otieno, E. Murunga, N. Otiende, M. Ochola-Oyier, L. I. Agoti, C. N. Githinji, G. Kasera, K. Amoth, P. Mwangangi, M. Aman, R. Ng'ang'a, W. Tsofa, B. Bejon, P. Keeling, M. J. Nokes, D. J. Barasa, E.
Science, (2021). 374:989-994

Whole genome sequencing of two human rhinovirus A types (A101 and A15) detected in Kenya, 2016-2018.Luka, M. M. Kamau, E. de Laurent, Z. R. Morobe, J. M. Alii, L. K. Nokes, D. J. Agoti, C. N.
Wellcome Open Res, (2021). 6:178

The Etiology of Pneumonia in HIV-uninfected Children in Kilifi, Kenya: Findings From the Pneumonia Etiology Research for Child Health (PERCH) Study.Awori, J. O. Kamau, A. Morpeth, S. Kazungu, S. Silaba, M. Sande, J. Karani, A. Nyongesa, S. Mwarumba, S. Musyimi, R. Bett, A. Wande, S. Shebe, M. Ngama, M. Munywoki, P. K. Muturi, N. Nokes, D. J. Feikin, D. R. Murdoch, D. R. Prosperi, C. O'Brien, K. L. Deloria Knoll, M. Hammitt, L. L. Scott, J. A. G.
Pediatr Infect Dis J, (2021). 40:S29-S39

Tracking the introduction and spread of SARS-CoV-2 in coastal Kenya.Githinji, G. de Laurent, Z. R. Mohammed, K. S. Omuoyo, D. O. Macharia, P. M. Morobe, J. M. Otieno, E. Kinyanjui, S. M. Agweyu, A. Maitha, E. Kitole, B. Suleiman, T. Mwakinangu, M. Nyambu, J. Otieno, J. Salim, B. Kasera, K. Kiiru, J. Aman, R. Barasa, E. Warimwe, G. Bejon, P. Tsofa, B. Ochola-Oyier, L. I. Nokes, D. J. Agoti, C. N.
Nat Commun, (2021). 12:4809

Spatially resolved simulations of the spread of COVID-19 in three European countries.Parisi, A. Brand, S. P. C. Hilton, J. Aziza, R. Keeling, M. J. Nokes, D. J.
PLoS Comput Biol, (2021). 17:e1009090

Comparative analysis of spatial-temporal patterns of human metapneumovirus and respiratory syncytial virus in Africa using genetic data, 2011-2014.Oketch, J. W. Kamau, E. Otieno, J. R. Mwema, A. Lewa, C. Isoe, E. Nokes, D. J. Agoti, C. N.
Virol J, (2021). 18:104

Proposal for Human Respiratory Syncytial Virus Nomenclature below the Species Level.Salimi, V. Viegas, M. Trento, A. Agoti, C. N. Anderson, L. J. Avadhanula, V. Bahl, J. Bont, L. Brister, J. R. Cane, P. A. Galiano, M. Graham, B. S. Hatcher, E. L. Hellferscee, O. Henke, D. M. Hirve, S. Jackson, S. Keyaerts, E. Kragten-Tabatabaie, L. Lindstrom, S. Nauwelaers, I. Nokes, D. J. Openshaw, P. J. Peret, T. C. Piedra, P. A. Ramaekers, K. Rector, A. Trovao, N. S. von Gottberg, A. Zambon, M. Zhang, W. Williams, T. C. Barr, I. G. Buchholz, U. J.
Emerg Infect Dis, (2021). 27:1-9

Near-Complete Genome Sequences of Eight Human Astroviruses Recovered from Diarrheal Stool Samples of Hospitalized Children in Coastal Kenya in 2019.Lambisia, A. W. Phan, M. V. T. de Laurent, Z. R. Cotten, M. Nokes, D. J. Agoti, C. N.
Microbiol Resour Announc, (2021). 10:

The importance of supplementary immunisation activities to prevent measles outbreaks during the COVID-19 pandemic in Kenya.Mburu, C. N. Ojal, J. Chebet, R. Akech, D. Karia, B. Tuju, J. Sigilai, A. Abbas, K. Jit, M. Funk, S. Smits, G. van Gageldonk, P. G. M. van der Klis, F. R. M. Tabu, C. Nokes, D. J. Lshtm Cmmid Covid- Working Group Scott, J. Flasche, S. Adetifa, I.
BMC Med, (2021). 19:35

Integrating epidemiological and genetic data with different sampling intensities into a dynamic model of respiratory syncytial virus transmission.Kombe, I. K. Agoti, C. N. Munywoki, P. K. Baguelin, M. Nokes, D. J. Medley, G. F.
Sci Rep, (2021). 11:1463

Respiratory syncytial virus seasonality in three epidemiological zones of Kenya.Rose, E. B. Nyawanda, B. O. Munywoki, P. K. Murunga, N. Bigogo, G. M. Otieno, N. A. Onyango, C. Chaves, S. S. Verani, J. R. Emukule, G. O. Widdowson, M. A. Nokes, D. J. Gerber, S. I. Langley, G. E.
Influenza Other Respir Viruses, (2021). 15:195-201

Characteristics of SARS-CoV-2 infections in households in rural coastal Kenya: a prospective genomic study..Agoti, C.N. Nyiro, J. Murunga, N. Lambisia, A.W. Mohammed, K.S. de Laurent, Z.R. Morobe, J.M. Mburu, M.W. Ndwiga, L. Ongera, E.M. Makori, T. Musyoki, J. Mwangangi, J. Tsofa, B. Ochola-Oyier, L. I. Bejon, P. Githinji, G. Nokes , D. J. Gallagher, K. E.
1st International Conference on Public Health in Africa (CPHIA-2021), (2021). :

Genomic surveillance of SARS-CoV-2 in Kenya: March 2020-October 2021..Githinji, G. Lambisia, W. A. Mohamed, K. S. Morobe, M. J. de Laurent, Z. R. Mburu, W. M. Ongera, M. E. Omuoyo, O. D. Ndwiga, L. Otieno, E. Murunga, N. Musyoki, J. KWTRP COVID Testing Team. Kilifi Rapid Response Team. Kiiru, J. Kasera, K. Amoth, P. Mwangangi, M. Aman, R. Kinyanjui, S. Warimwe, G. M. Agweyu, A. Barasa, E. Tsofa, B. Mwangangi, J. Matoke, D. Nokes, D. J. Bejon, P. Ochola-Oyier, L. I. Agoti, C. N.
1st International Conference on Public Health in Africa (CPHIA-2021), (2021). :

Epidemiological and evolutionary dynamics of influenza B virus in coastal Kenya as revealed by genomic analysis of strains sampled over a single season.Nyasimi, F. M. Owuor, D. C. Ngoi, J. M. Mwihuri, A. G. Otieno, G. P. Otieno, J. R. Githinji, G. Nyiro, J. U. Nokes, D. J. Agoti, C. N.
Virus Evol, (2020). 6:veaa045

Evolution of respiratory syncytial virus genotype BA in Kilifi, Kenya, 15 years on.Kamau, E. Otieno, J. R. Lewa, C. S. Mwema, A. Murunga, N. Nokes, D. J. Agoti, C. N.
Sci Rep, (2020). 10:21176

Multiple Introductions and Predominance of Rotavirus Group A Genotype G3P[8] in Kilifi, Coastal Kenya, 4 Years after Nationwide Vaccine Introduction.Mwanga, M. J. Verani, J. R. Omore, R. Tate, J. E. Parashar, U. D. Murunga, N. Gicheru, E. Breiman, R. F. Nokes, D. J. Agoti, C. N.
Pathogens, (2020). 9:

Implications of gestational age at antenatal care attendance on the successful implementation of a maternal respiratory syncytial virus (RSV) vaccine program in coastal Kenya.Nyiro, J. U. Bukusi, E. Mwaengo, D. Walumbe, D. Nyaguara, A. Nyawanda, B. Otieno, N. Berkley, J. A. Munywoki, P. Nokes, D. J.
BMC Public Health, (2020). 20:1723

Surveillance of respiratory viruses among children attending a primary school in rural coastal Kenya.Adema, I. W. Kamau, E. Uchi Nyiro, J. Otieno, G. P. Lewa, C. Munywoki, P. K. Nokes, D. J.
Wellcome Open Res, (2020). 5:63

Molecular Epidemiology of Human Rhinovirus From 1-Year Surveillance Within a School Setting in Rural Coastal Kenya.Luka, M. M. Kamau, E. Adema, I. Munywoki, P. K. Otieno, G. P. Gicheru, E. Gichuki, A. Kibinge, N. Agoti, C. N. Nokes, D. J.
Open Forum Infect Dis, (2020). 7:ofaa385