James Nokes

Model-based estimates of transmission of respiratory syncytial virus within households.Kombe, I. K. Munywoki, P. K. Baguelin, M. Nokes, D. J. Medley, G. F.
Epidemics, (2019). 27:1-11

An Intensive, Active Surveillance Reveals Continuous Invasion and High Diversity of Rhinovirus in Households.Kamau, E. Onyango, C. O. Otieno, G. P. Kiyuka, P. K. Agoti, C. N. Medley, G. F. Cane, P. A. Nokes, D. J. Munywoki, P. K.
J Infect Dis, (2019). 219:1049-1057

Molecular characterization of rotavirus group A strains circulating prior to vaccine introduction in rural coastal Kenya, 2002-2013.Owor, B. E. Mwanga, M. J. Njeru, R. Mugo, R. Ngama, M. Otieno, G. P. Nokes, D. J. Agoti, C. N.
Wellcome Open Res, (2018). 3:150

Human rhinovirus spatial-temporal epidemiology in rural coastal Kenya, 2015-2016, observed through outpatient surveillance.Morobe, J. M. Nyiro, J. U. Brand, S. Kamau, E. Gicheru, E. Eyase, F. Otieno, G. P. Munywoki, P. K. Agoti, C. N. Nokes, D. J.
Wellcome Open Res, (2018). 3:128

Evaluating the performance of tools used to call minority variants from whole genome short-read data.Said Mohammed, K. Kibinge, N. Prins, P. Agoti, C. N. Cotten, M. Nokes, D. J. Brand, S. Githinji, G.
Wellcome Open Res, (2018). 3:21

Erratum: Whole genome analysis of local Kenyan and global sequences unravels the epidemiological and molecular evolutionary dynamics of RSV genotype ON1 strains.Otieno, J. R. Kamau, E. M. Oketch, J. W. Ngoi, J. M. Gichuki, A. M. Binter, S. Otieno, G. P. Ngama, M. Agoti, C. N. Cane, P. A. Kellam, P. Cotten, M. Lemey, P. Nokes, D. J.
Virus Evol, (2018). 4:vey036

Whole genome analysis of local Kenyan and global sequences unravels the epidemiological and molecular evolutionary dynamics of RSV genotype ON1 strains.Otieno, J. R. Kamau, E. M. Oketch, J. W. Ngoi, J. M. Gichuki, A. M. Binter, S. Otieno, G. P. Ngama, M. Agoti, C. N. Cane, P. A. Kellam, P. Cotten, M. Lemey, P. Nokes, D. J.
Virus Evol, (2018). 4:vey027

Untargeted analysis of the airway proteomes of children with respiratory infections using mass spectrometry based proteomics.Sande, C. J. Mutunga, M. Muteti, J. Berkley, J. A. Nokes, D. J. Njunge, J.
Sci Rep, (2018). 8:13814

Surveillance of respiratory viruses in the outpatient setting in rural coastal Kenya: baseline epidemiological observations.Nyiro, J. U. Munywoki, P. Kamau, E. Agoti, C. Gichuki, A. Etyang, T. Otieno, G. Nokes, D. J.
Wellcome Open Res, (2018). 3:89

Impact of viral upper respiratory tract infection on the concentration of nasopharyngeal pneumococcal carriage among Kenyan children.Morpeth, S. C. Munywoki, P. Hammitt, L. L. Bett, A. Bottomley, C. Onyango, C. O. Murdoch, D. R. Nokes, D. J. Scott, J. A. G.
Sci Rep, (2018). 8:11030

Human Coronavirus NL63 Molecular Epidemiology and Evolutionary Patterns in Rural Coastal Kenya.Kiyuka, P. K. Agoti, C. N. Munywoki, P. K. Njeru, R. Bett, A. Otieno, J. R. Otieno, G. P. Kamau, E. Clark, T. G. van der Hoek, L. Kellam, P. Nokes, D. J. Cotten, M.
J Infect Dis, (2018). 217:1728-1739

Continuous Invasion by Respiratory Viruses Observed in Rural Households During a Respiratory Syncytial Virus Seasonal Outbreak in Coastal Kenya.Munywoki, P. K. Koech, D. C. Agoti, C. N. Cane, P. A. Medley, G. F. Nokes, D. J.
Clin Infect Dis, (2018). 67:1559-1567

Global respiratory syncytial virus-associated mortality in young children (RSV GOLD): a retrospective case series.Scheltema, N. M. Gentile, A. Lucion, F. Nokes, D. J. Munywoki, P. K. Madhi, S. A. Groome, M. J. Cohen, C. Moyes, J. Thorburn, K. Thamthitiwat, S. Oshitani, H. Lupisan, S. P. Gordon, A. Sanchez, J. F. O'Brien, K. L. Perch Study Group Gessner, B. D. Sutanto, A. Mejias, A. Ramilo, O. Khuri-Bulos, N. Halasa, N. de-Paris, F. Pires, M. R. Spaeder, M. C. Paes, B. A. Simoes, E. A. F. Leung, T. F. da Costa Oliveira, M. T. de Freitas Lazaro Emediato, C. C. Bassat, Q. Butt, W. Chi, H. Aamir, U. B. Ali, A. Lucero, M. G. Fasce, R. A. Lopez, O. Rath, B. A. Polack, F. P. Papenburg, J. Roglic, S. Ito, H. Goka, E. A. Grobbee, D. E. Nair, H. Bont, L. J.
Lancet Glob Health, (2017). 5:e984-e991

A27 Using whole genome sequence data and minority variant profiles to elucidate transmission patterns during RSV household outbreaks.Githinji, G. Agoti, C. Munywoki, P. Bett, A. Kellam, P. Cotton, M. Nokes, D. J.
Virus Evol, (2017). 3:

A26 Transmission patterns and evolution of RSV in a community outbreak identified by genomic analysis.Agoti, C. N. Munywoki, P. K. Phan, M. V. T. Otieno, J. R. Kamau, E. Bett, A. Kombe, I. Githinji, G. Medley, G. F. Cane, P. A. Kellam, P. Cotton, M. Nokes, D. J.
Virus Evol, (2017). 3:

A49 Molecular evolutionary dynamics of respiratory syncytial virus group A in recurrent epidemics in coastal Kenya.Otieno, J. R. Agoti, C. N. Gitahi, C. W. Bett, A. Ngama, M. Medley, G. F. Cane, P. A. Nokes, D. J.
Virus Evol, (2017). 3:

Global, regional, and national disease burden estimates of acute lower respiratory infections due to respiratory syncytial virus in young children in 2015: a systematic review and modelling study.Shi, T. McAllister, D. A. O'Brien, K. L. Simoes, E. A. F. Madhi, S. A. Gessner, B. D. Polack, F. P. Balsells, E. Acacio, S. Aguayo, C. Alassani, I. Ali, A. Antonio, M. Awasthi, S. Awori, J. O. Azziz-Baumgartner, E. Baggett, H. C. Baillie, V. L. Balmaseda, A. Barahona, A. Basnet, S. Bassat, Q. Basualdo, W. Bigogo, G. Bont, L. Breiman, R. F. Brooks, W. A. Broor, S. Bruce, N. Bruden, D. Buchy, P. Campbell, S. Carosone-Link, P. Chadha, M. Chipeta, J. Chou, M. Clara, W. Cohen, C. de Cuellar, E. Dang, D. A. Dash-Yandag, B. Deloria-Knoll, M. Dherani, M. Eap, T. Ebruke, B. E. Echavarria, M. de Freitas Lazaro Emediato, C. C. Fasce, R. A. Feikin, D. R. Feng, L. Gentile, A. Gordon, A. Goswami, D. Goyet, S. Groome, M. Halasa, N. Hirve, S. Homaira, N. Howie, S. R. C. Jara, J. Jroundi, I. Kartasasmita, C. B. Khuri-Bulos, N. Kotloff, K. L. Krishnan, A. Libster, R. Lopez, O. Lucero, M. G. Lucion, F. Lupisan, S. P. Marcone, D. N. McCracken, J. P. Mejia, M. Moisi, J. C. Montgomery, J. M. Moore, D. P. Moraleda, C. Moyes, J. Munywoki, P. Mutyara, K. Nicol, M. P. Nokes, D. J. Nymadawa, P. da Costa Oliveira, M. T. Oshitani, H. Pandey, N. Paranhos-Baccala, G. Phillips, L. N. Picot, V. S. Rahman, M. Rakoto-Andrianarivelo, M. Rasmussen, Z. A. Rath, B. A. Robinson, A. Romero, C. Russomando, G. Salimi, V. Sawatwong, P. Scheltema, N. Schweiger, B. Scott, J. A. G. Seidenberg, P. Shen, K. Singleton, R. Sotomayor, V. Strand, T. A. Sutanto, A. Sylla, M. Tapia, M. D. Thamthitiwat, S. Thomas, E. D. Tokarz, R. Turner, C. Venter, M. Waicharoen, S. Wang, J. Watthanaworawit, W. Yoshida, L. M. Yu, H. Zar, H. J. Campbell, H. Nair, H. R. S. V. Global Epidemiology Network
Lancet, (2017). 390:946-958

Assessing the efficiency of catch-up campaigns for the introduction of pneumococcal conjugate vaccine: a modelling study based on data from PCV10 introduction in Kilifi, Kenya.Flasche, S. Ojal, J. Le Polain de Waroux, O. Otiende, M. O'Brien, K. L. Kiti, M. Nokes, D. J. Edmunds, W. J. Scott, J. A. G.
BMC Med, (2017). 15:113

Defining the vaccination window for respiratory syncytial virus (RSV) using age-seroprevalence data for children in Kilifi, Kenya.Nyiro, J. U. Kombe, I. K. Sande, C. J. Kipkoech, J. Kiyuka, P. K. Onyango, C. O. Munywoki, P. K. Kinyanjui, T. M. Nokes, D. J.
PLoS One, (2017). 12:e0177803

Transmission patterns and evolution of respiratory syncytial virus in a community outbreak identified by genomic analysis.Agoti, C. N. Munywoki, P. K. Phan, M. V. T. Otieno, J. R. Kamau, E. Bett, A. Kombe, I. Githinji, G. Medley, G. F. Cane, P. A. Kellam, P. Cotten, M. Nokes, D. J.
Virus Evol, (2017). 3:vex006