James Nokes/Science

The evolving SARS-CoV-2 epidemic in Africa: Insights from rapidly expanding genomic surveillance.Tegally, H. San, J. E. Cotten, M. Moir, M. Tegomoh, B. Mboowa, G. Martin, D. P. Baxter, C. Lambisia, A. W. Diallo, A. Amoako, D. G. Diagne, M. M. Sisay, A. Zekri, A. N. Gueye, A. S. Sangare, A. K. Ouedraogo, A. S. Sow, A. Musa, A. O. Sesay, A. K. Abias, A. G. Elzagheid, A. I. Lagare, A. Kemi, A. S. Abar, A. E. Johnson, A. A. Fowotade, A. Oluwapelumi, A. O. Amuri, A. A. Juru, A. Kandeil, A. Mostafa, A. Rebai, A. Sayed, A. Kazeem, A. Balde, A. Christoffels, A. Trotter, A. J. Campbell, A. Keita, A. K. Kone, A. Bouzid, A. Souissi, A. Agweyu, A. Naguib, A. Gutierrez, A. V. Nkeshimana, A. Page, A. J. Yadouleton, A. Vinze, A. Happi, A. N. Chouikha, A. Iranzadeh, A. Maharaj, A. Batchi-Bouyou, A. L. Ismail, A. Sylverken, A. A. Goba, A. Femi, A. Sijuwola, A. E. Marycelin, B. Salako, B. L. Oderinde, B. S. Bolajoko, B. Diarra, B. Herring, B. L. Tsofa, B. Lekana-Douki, B. Mvula, B. Njanpop-Lafourcade, B. M. Marondera, B. T. Khaireh, B. A. Kouriba, B. Adu, B. Pool, B. McInnis, B. Brook, C. Williamson, C. Nduwimana, C. Anscombe, C. Pratt, C. B. Scheepers, C. Akoua-Koffi, C. G. Agoti, C. N. Mapanguy, C. M. Loucoubar, C. Onwuamah, C. K. Ihekweazu, C. Malaka, C. N. Peyrefitte, C. Grace, C. Omoruyi, C. E. Rafai, C. D. Morang'a, C. M. Erameh, C. Lule, D. B. Bridges, D. J. Mukadi-Bamuleka, D. Park, D. Rasmussen, D. A. Baker, D. Nokes, D. J. Ssemwanga, D. Tshiabuila, D. Amuzu, D. S. Y. Goedhals, D. Grant, D. S. Omuoyo, D. O. Maruapula, D. Wanjohi, D. W. Foster-Nyarko, E. Lusamaki, E. K. Simulundu, E. Ong'era, E. M. Ngabana, E. N. Abworo, E. O. Otieno, E. Shumba, E. Barasa, E. Ahmed, E. B. Ahmed, E. A. Lokilo, E. Mukantwari, E. Philomena, E. Belarbi, E. Simon-Loriere, E. Anoh, E. A. Manuel, E. Leendertz, F. Taweh, F. M. Wasfi, F. Abdelmoula, F. Takawira, F. T. Derrar, F. Ajogbasile, F. V. Treurnicht, F. Onikepe, F. Ntoumi, F. Muyembe, F. M. Ragomzingba, F. E. Z. Dratibi, F. A. Iyanu, F. A. Mbunsu, G. K. Thilliez, G. Kay, G. L. Akpede, G. O. van Zyl, G. U. Awandare, G. A. Kpeli, G. S. Schubert, G. Maphalala, G. P. Ranaivoson, H. C. Omunakwe, H. E. Onywera, H. Abe, H. Karray, H. Nansumba, H. Triki, H. Kadjo, H. A. A. Elgahzaly, H. Gumbo, H. Mathieu, H. Kavunga-Membo, H. Smeti, I. Olawoye, I. B. Adetifa, I. M. O. Odia, I. Ben Boubaker, I. B. Muhammad, I. A. Ssewanyana, I. Wurie, I. Konstantinus, I. S. Halatoko, J. W. A. Ayei, J. Sonoo, J. Makangara, J. C. Tamfum, J. M. Heraud, J. M. Shaffer, J. G. Giandhari, J. Musyoki, J. Nkurunziza, J. Uwanibe, J. N. Bhiman, J. N. Yasuda, J. Morais, J. Kiconco, J. Sandi, J. D. Huddleston, J. Odoom, J. K. Morobe, J. M. Gyapong, J. O. Kayiwa, J. T. Okolie, J. C. Xavier, J. S. Gyamfi, J. Wamala, J. F. Bonney, J. H. K. Nyandwi, J. Everatt, J. Nakaseegu, J. Ngoi, J. M. Namulondo, J. Oguzie, J. U. Andeko, J. C. Lutwama, J. J. Mogga, J. J. H. O'Grady, J. Siddle, K. J. Victoir, K. Adeyemi, K. T. Tumedi, K. A. Carvalho, K. S. Mohammed, K. S. Dellagi, K. Musonda, K. G. Duedu, K. O. Fki-Berrajah, L. Singh, L. Kepler, L. M. Biscornet, L. de Oliveira Martins, L. Chabuka, L. Olubayo, L. Ojok, L. D. Deng, L. L. Ochola-Oyier, L. I. Tyers, L. Mine, M. Ramuth, M. Mastouri, M. ElHefnawi, M. Mbanne, M. Matsheka, M. I. Kebabonye, M. Diop, M. Momoh, M. Lima Mendonca, M. D. L. Venter, M. Paye, M. F. Faye, M. Nyaga, M. M. Mareka, M. Damaris, M. M. Mburu, M. W. Mpina, M. G. Owusu, M. Wiley, M. R. Tatfeng, M. Y. Ayekaba, M. O. Abouelhoda, M. Beloufa, M. A. Seadawy, M. G. Khalifa, M. K. Matobo, M. M. Kane, M. Salou, M. Mbulawa, M. B. Mwenda, M. Allam, M. Phan, M. V. T. Abid, N. Rujeni, N. Abuzaid, N. Ismael, N. Elguindy, N. Top, N. M. Dia, N. Mabunda, N. Hsiao, N. Y. Silochi, N. B. Francisco, N. M. Saasa, N. Bbosa, N. Murunga, N. Gumede, N. Wolter, N. Sitharam, N. Ndodo, N. Ajayi, N. A. Tordo, N. Mbhele, N. Razanajatovo, N. H. Iguosadolo, N. Mba, N. Kingsley, O. C. Sylvanus, O. Femi, O. Adewumi, O. M. Testimony, O. Ogunsanya, O. A. Fakayode, O. Ogah, O. E. Oludayo, O. E. Faye, O. Smith-Lawrence, P. Ondoa, P. Combe, P. Nabisubi, P. Semanda, P. Oluniyi, P. E. Arnaldo, P. Quashie, P. K. Okokhere, P. O. Bejon, P. Dussart, P. Bester, P. A. Mbala, P. K. Kaleebu, P. Abechi, P. El-Shesheny, R. Joseph, R. Aziz, R. K. Essomba, R. G. Ayivor-Djanie, R. Njouom, R. Phillips, R. O. Gorman, R. Kingsley, R. A. Neto Rodrigues, Rmdesa Audu, R. A. Carr, R. A. A. Gargouri, S. Masmoudi, S. Bootsma, S. Sankhe, S. Mohamed, S. I. Femi, S. Mhalla, S. Hosch, S. Kassim, S. K. Metha, S. Trabelsi, S. Agwa, S. H. Mwangi, S. W. Doumbia, S. Makiala-Mandanda, S. Aryeetey, S. Ahmed, S. S. Ahmed, S. M. Elhamoumi, S. Moyo, S. Lutucuta, S. Gaseitsiwe, S. Jalloh, S. Andriamandimby, S. F. Oguntope, S. Grayo, S. Lekana-Douki, S. Prosolek, S. Ouangraoua, S. van Wyk, S. Schaffner, S. F. Kanyerezi, S. Ahuka-Mundeke, S. Rudder, S. Pillay, S. Nabadda, S. Behillil, S. Budiaki, S. L. van der Werf, S. Mashe, T. Mohale, T. Le-Viet, T. Velavan, T. P. Schindler, T. Maponga, T. G. Bedford, T. Anyaneji, U. J. Chinedu, U. Ramphal, U. George, U. E. Enouf, V. Nene, V. Gorova, V. Roshdy, W. H. Karim, W. A. Ampofo, W. K. Preiser, W. Choga, W. T. Ahmed, Y. A. Ramphal, Y. Bediako, Y. Naidoo, Y. Butera, Y. de Laurent, Z. R. Africa Pathogen Genomics Initiative double, dagger Ouma, A. E. O. von Gottberg, A. Githinji, G. Moeti, M. Tomori, O. Sabeti, P. C. Sall, A. A. Oyola, S. O. Tebeje, Y. K. Tessema, S. K. de Oliveira, T. Happi, C. Lessells, R. Nkengasong, J. Wilkinson, E.
Science, (2022). 378:eabq5358

A year of genomic surveillance reveals how the SARS-CoV-2 pandemic unfolded in Africa.Wilkinson, E. Giovanetti, M. Tegally, H. San, J. E. Lessells, R. Cuadros, D. Martin, D. P. Rasmussen, D. A. Zekri, A. N. Sangare, A. K. Ouedraogo, A. S. Sesay, A. K. Priscilla, A. Kemi, A. S. Olubusuyi, A. M. Oluwapelumi, A. O. O. Hammami, A. Amuri, A. A. Sayed, A. Ouma, A. E. O. Elargoubi, A. Ajayi, N. A. Victoria, A. F. Kazeem, A. George, A. Trotter, A. J. Yahaya, A. A. Keita, A. K. Diallo, A. Kone, A. Souissi, A. Chtourou, A. Gutierrez, A. V. Page, A. J. Vinze, A. Iranzadeh, A. Lambisia, A. Ismail, A. Rosemary, A. Sylverken, A. Femi, A. Ibrahimi, A. Marycelin, B. Oderinde, B. S. Bolajoko, B. Dhaala, B. Herring, B. L. Njanpop-Lafourcade, B. M. Kleinhans, B. McInnis, B. Tegomoh, B. Brook, C. Pratt, C. B. Scheepers, C. Akoua-Koffi, C. G. Agoti, C. N. Peyrefitte, C. Daubenberger, C. Morang'a, C. M. Nokes, D. J. Amoako, D. G. Bugembe, D. L. Park, D. Baker, D. Doolabh, D. Ssemwanga, D. Tshiabuila, D. Bassirou, D. Amuzu, D. S. Y. Goedhals, D. Omuoyo, D. O. Maruapula, D. Foster-Nyarko, E. Lusamaki, E. K. Simulundu, E. Ong'era, E. M. Ngabana, E. N. Shumba, E. El Fahime, E. Lokilo, E. Mukantwari, E. Philomena, E. Belarbi, E. Simon-Loriere, E. Anoh, E. A. Leendertz, F. Ajili, F. Enoch, F. O. Wasfi, F. Abdelmoula, F. Mosha, F. S. Takawira, F. T. Derrar, F. Bouzid, F. Onikepe, F. Adeola, F. Muyembe, F. M. Tanser, F. Dratibi, F. A. Mbunsu, G. K. Thilliez, G. Kay, G. L. Githinji, G. van Zyl, G. Awandare, G. A. Schubert, G. Maphalala, G. P. Ranaivoson, H. C. Lemriss, H. Anise, H. Abe, H. Karray, H. H. Nansumba, H. Elgahzaly, H. A. Gumbo, H. Smeti, I. Ayed, I. B. Odia, I. Ben Boubaker, I. B. Gaaloul, I. Gazy, I. Mudau, I. Ssewanyana, I. Konstantinus, I. Lekana-Douk, J. B. Makangara, J. C. Tamfum, J. M. Heraud, J. M. Shaffer, J. G. Giandhari, J. Li, J. Yasuda, J. Mends, J. Q. Kiconco, J. Morobe, J. M. Gyapong, J. O. Okolie, J. C. Kayiwa, J. T. Edwards, J. A. Gyamfi, J. Farah, J. Nakaseegu, J. Ngoi, J. M. Namulondo, J. Andeko, J. C. Lutwama, J. J. O'Grady, J. Siddle, K. Adeyemi, K. T. Tumedi, K. A. Said, K. M. Hae-Young, K. Duedu, K. O. Belyamani, L. Fki-Berrajah, L. Singh, L. Martins, L. O. Tyers, L. Ramuth, M. Mastouri, M. Aouni, M. El Hefnawi, M. Matsheka, M. I. Kebabonye, M. Diop, M. Turki, M. Paye, M. Nyaga, M. M. Mareka, M. Damaris, M. M. Mburu, M. W. Mpina, M. Nwando, M. Owusu, M. Wiley, M. R. Youtchou, M. T. Ayekaba, M. O. Abouelhoda, M. Seadawy, M. G. Khalifa, M. K. Sekhele, M. Ouadghiri, M. Diagne, M. M. Mwenda, M. Allam, M. Phan, M. V. T. Abid, N. Touil, N. Rujeni, N. Kharrat, N. Ismael, N. Dia, N. Mabunda, N. Hsiao, N. Y. Silochi, N. B. Nsenga, N. Gumede, N. Mulder, N. Ndodo, N. Razanajatovo, N. H. Iguosadolo, N. Judith, O. Kingsley, O. C. Sylvanus, O. Peter, O. Femi, O. Idowu, O. Testimony, O. Chukwuma, O. E. Ogah, O. E. Onwuamah, C. K. Cyril, O. Faye, O. Tomori, O. Ondoa, P. Combe, P. Semanda, P. Oluniyi, P. E. Arnaldo, P. Quashie, P. K. Dussart, P. Bester, P. A. Mbala, P. K. Ayivor-Djanie, R. Njouom, R. Phillips, R. O. Gorman, R. Kingsley, R. A. Carr, R. A. A. El Kabbaj, S. Gargouri, S. Masmoudi, S. Sankhe, S. Lawal, S. B. Kassim, S. Trabelsi, S. Metha, S. Kammoun, S. Lemriss, S. Agwa, S. H. A. Calvignac-Spencer, S. Schaffner, S. F. Doumbia, S. Mandanda, S. M. Aryeetey, S. Ahmed, S. S. Elhamoumi, S. Andriamandimby, S. Tope, S. Lekana-Douki, S. Prosolek, S. Ouangraoua, S. Mundeke, S. A. Rudder, S. Panji, S. Pillay, S. Engelbrecht, S. Nabadda, S. Behillil, S. Budiaki, S. L. van der Werf, S. Mashe, T. Aanniz, T. Mohale, T. Le-Viet, T. Schindler, T. Anyaneji, U. J. Chinedu, U. Ramphal, U. Jessica, U. George, U. Fonseca, V. Enouf, V. Gorova, V. Roshdy, W. H. Ampofo, W. K. Preiser, W. Choga, W. T. Bediako, Y. Naidoo, Y. Butera, Y. de Laurent, Z. R. Sall, A. A. Rebai, A. von Gottberg, A. Kouriba, B. Williamson, C. Bridges, D. J. Chikwe, I. Bhiman, J. N. Mine, M. Cotten, M. Moyo, S. Gaseitsiwe, S. Saasa, N. Sabeti, P. C. Kaleebu, P. Tebeje, Y. K. Tessema, S. K. Happi, C. Nkengasong, J. de Oliveira, T.
Science, (2021). 374:423-431

COVID-19 transmission dynamics underlying epidemic waves in Kenya.Brand, S. P. C. Ojal, J. Aziza, R. Were, V. Okiro, E. A. Kombe, I. K. Mburu, C. Ogero, M. Agweyu, A. Warimwe, G. M. Nyagwange, J. Karanja, H. Gitonga, J. N. Mugo, D. Uyoga, S. Adetifa, I. M. O. Scott, J. A. G. Otieno, E. Murunga, N. Otiende, M. Ochola-Oyier, L. I. Agoti, C. N. Githinji, G. Kasera, K. Amoth, P. Mwangangi, M. Aman, R. Ng'ang'a, W. Tsofa, B. Bejon, P. Keeling, M. J. Nokes, D. J. Barasa, E.
Science, (2021). 374:989-994

Epidemiology. Does viral diversity matter?.Medley, G. F. Nokes, D. J.
Science, (2009). 325:274-5