Isabella Ochola-Oyier/Wellcome Open Res

Pf8: an open dataset of Plasmodium falciparum genome variation in 33,325 worldwide samples.Malaria Genomic Epidemiology, Network Abdel Hamid, M. M. Abdelraheem, M. H. Acheampong, D. O. Adam, I. Aide, P. Ajibaye, O. Ali, M. Almagro-Garcia, J. Amambua-Ngwa, A. Amenga-Etego, L. Aniebo, I. Aninagyei, E. Ansah, F. Apinjoh, T. O. Ariani, C. V. Auburn, S. Awandare, G. A. Balmer, A. Bejon, P. Boene, S. Bwire, G. Candrinho, B. Chidimatembue, A. Chindavongsa, K. Comiche, K. Conway, D. Dara, A. Diakite, M. Djimde, A. Dondorp, A. Doumbia, S. Drury, E. Fanello, C. A. Ferdig, M. Figueroa, K. Gamboa, D. Golassa, L. Goncalves, S. Guindo, M. D. A. Hamaluba, M. Hanboonkunupakarn, B. Howe, K. Hussien, M. Imwong, M. Ishengoma, D. Jeans, J. Kabaghe, A. Kamuhabwa, A. Kindermans, J. M. Konate, D. S. Kwiatkowski, D. P. Lee, C. Lee, S. K. Lee, S. J. Ley, B. Llanos-Cuentas, A. Marfurt, J. Matambisso, G. Maude, R. R. Maude, R. J. Mayor, A. Mayxay, M. Maiga-Ascofare, O. McCann, R. S. Miles, A. Miotto, O. Mohamed, A. O. Morang'a, C. M. Murie, K. Ngasala, B. E. Nguyen, T. N. Nolasco, O. Nosten, F. Noviyanti, R. O'Connor, I. Oboh, M. Ochola-Oyier, L. I. Olufunke Falade, C. Olukosi, A. Olumide, A. Olusola, F. I. Onyamboko, M. A. Oriero, E. C. Oyibo, W. A. Pannebaker, D. Pearson, R. D. Phiri, K. van der Pluijm, R. W. Price, R. N. Quang, H. H. Rajkumar Devaraju, V. Randrianarivelojosia, M. Ranford-Cartwright, L. Rayner, J. C. Rovira-Vallbona, E. Rowlands, K. Ruano-Rubio, V. Sanchez, J. F. Saute, F. Shettima, S. da Silva, C. Simpson, V. J. Suddaby, S. Takken, W. Thu, A. M. Toure, M. Unlu, E. Valdivia, H. O. van Vugt, M. Waithira, N. Wellems, T. Wendler, J. White, N. Wuendrich Ogidan, R.
Wellcome Open Res, (2025). 10:325

A pragmatic randomized controlled trial of standard care versus corticosteroids plus standard care for treatment of pneumonia in adults admitted to Kenyan hospitals (SONIA).Lucinde, R. Abdi, A. Orindi, B. Mwakio, S. Gathuri, H. Onyango, E. Chira, S. Ogero, M. Isaaka, L. Shangala, J. Oginga, I. N. Wachira, A. Manuthu, E. Kariuki, H. Nyikuli, J. Wekesa, C. Otedo, A. Bosire, H. Okoth, S. B. Ongalo, W. Mukabi, D. Lusamba, W. Muthui, B. Kirui, N. Adembesa, I. Mithi, C. Sood, M. Ahmed, N. Gituma, B. Ongaki, V. B. Giabe, M. Omondi, C. Ombajo, L. A. Kagucia, W. English, M. Hamaluba, M. Ochola-Oyier, L. I. Kamuya, D. Bejon, P. Agweyu, A. Akech, S. Etyang, A. O.
Wellcome Open Res, (2025). 7:269

Identification of coxsackievirus A24 variant during an acute hemorrhagic conjunctivitis outbreak in coastal Kenya, 2024.Lambisia, A. W. Mwita Morobe, J. Moraa, E. Mwarumba, S. Korir, F. K. N. Seif Athman, R. Kiptui, R. Mbee, M. Mugo, N. Amoth, P. Muange, P. J. Houldcroft C Barasa, E. Mwangangi, J. Githinji, G. C. Holmes E Ochola-Oyier, L. I. Agoti, C. N.
Wellcome Open Res, (2025). 10:28

Kinetics of naturally induced binding and neutralising anti-SARS-CoV-2 antibody levels and potencies among SARS-CoV-2 infected Kenyans with diverse grades of COVID-19 severity: an observational study.Kimotho, J. Sein, Y. Sayed, S. Shah, R. Mwai, K. Saleh, M. Wanjiku, P. Mwacharo, J. Nyagwange, J. Karanja, H. Kutima, B. Gitonga, J. N. Mugo, D. Karanu, A. Moranga, L. Oluoch, V. Shah, J. Mutiso, J. Mburu, A. Nneka, Z. Betti, P. Usyu Mutinda, W. Abdi, A. I. Bejon, P. Ochola-Oyier, L. I. Warimwe, G. M. Nduati, E. W. Ndungu, F. M.
Wellcome Open Res, (2025). 8:350

A cross-sectional analysis identifies a low prevalence of Plasmodium ovale species infections in symptomatic and asymptomatic individuals in Kilifi county, Kenya.Akinyi, M. Y. Chifwete, M. Ndwiga, L. Kimenyi, K. M. Osoti, V. Ochola-Oyier, L. I.
Wellcome Open Res, (2024). 7:207

Pf7: an open dataset of Plasmodium falciparum genome variation in 20,000 worldwide samples.MalariaGen, Abdel Hamid, M. M. Abdelraheem, M. H. Acheampong, D. O. Ahouidi, A. Ali, M. Almagro-Garcia, J. Amambua-Ngwa, A. Amaratunga, C. Amenga-Etego, L. Andagalu, B. Anderson, T. Andrianaranjaka, V. Aniebo, I. Aninagyei, E. Ansah, F. Ansah, P. O. Apinjoh, T. Arnaldo, P. Ashley, E. Auburn, S. Awandare, G. A. Ba, H. Baraka, V. Barry, A. Bejon, P. Bertin, G. I. Boni, M. F. Borrmann, S. Bousema, T. Bouyou-Akotet, M. Branch, O. Bull, P. C. Cheah, H. Chindavongsa, K. Chookajorn, T. Chotivanich, K. Claessens, A. Conway, D. J. Corredor, V. Courtier, E. Craig, A. D'Alessandro, U. Dama, S. Day, N. Denis, B. Dhorda, M. Diakite, M. Djimde, A. Dolecek, C. Dondorp, A. Doumbia, S. Drakeley, C. Drury, E. Duffy, P. Echeverry, D. F. Egwang, T. G. Enosse, S. M. M. Erko, B. Fairhurst, R. M. Faiz, A. Fanello, C. A. Fleharty, M. Forbes, M. Fukuda, M. Gamboa, D. Ghansah, A. Golassa, L. Goncalves, S. Harrison, G. L. A. Healy, S. A. Hendry, J. A. Hernandez-Koutoucheva, A. Hien, T. T. Hill, C. A. Hombhanje, F. Hott, A. Htut, Y. Hussein, M. Imwong, M. Ishengoma, D. Jackson, S. A. Jacob, C. G. Jeans, J. Johnson, K. J. Kamaliddin, C. Kamau, E. Keatley, J. Kochakarn, T. Konate, D. S. Konate, A. Kone, A. Kwiatkowski, D. P. Kyaw, M. P. Kyle, D. Lawniczak, M. Lee, S. K. Lemnge, M. Lim, P. Lon, C. Loua, K. M. Mandara, C. I. Marfurt, J. Marsh, K. Maude, R. J. Mayxay, M. Maiga-Ascofare, O. Miotto, O. Mita, T. Mobegi, V. Mohamed, A. O. Mokuolu, O. A. Montgomery, J. Morang'a, C. M. Mueller, I. Murie, K. Newton, P. N. Ngo Duc, T. Nguyen, T. Nguyen, T. N. Nguyen Thi Kim, T. Nguyen Van, H. Noedl, H. Nosten, F. Noviyanti, R. Ntui, V. N. Nzila, A. Ochola-Oyier, L. I. Ocholla, H. Oduro, A. Omedo, I. Onyamboko, M. A. Ouedraogo, J. B. Oyebola, K. Oyibo, W. A. Pearson, R. Peshu, N. Phyo, A. P. Plowe, C. V. Price, R. N. Pukrittayakamee, S. Quang, H. H. Randrianarivelojosia, M. Rayner, J. C. Ringwald, P. Rosanas-Urgell, A. Rovira-Vallbona, E. Ruano-Rubio, V. Ruiz, L. Saunders, D. Shayo, A. Siba, P. Simpson, V. J. Sissoko, M. S. Smith, C. Su, X. Z. Sutherland, C. Takala-Harrison, S. Talman, A. Tavul, L. Thanh, N. V. Thathy, V. Thu, A. M. Toure, M. Tshefu, A. Verra, F. Vinetz, J. Wellems, T. E. Wendler, J. White, N. J. Whitton, G. Yavo, W. van der Pluijm, R. W.
Wellcome Open Res, (2023). 8:22

Revealing the extent of the first wave of the COVID-19 pandemic in Kenya based on serological and PCR-test data.Ojal, J. Brand, S. P. C. Were, V. Okiro, E. A. Kombe, I. K. Mburu, C. Aziza, R. Ogero, M. Agweyu, A. Warimwe, G. M. Uyoga, S. Adetifa, I. M. O. Scott, J. A. G. Otieno, E. Ochola-Oyier, L. I. Agoti, C. N. Kasera, K. Amoth, P. Mwangangi, M. Aman, R. Ng'ang'a, W. Tsofa, B. Bejon, P. Barasa, E. Keeling, M. J. Nokes, D. J.
Wellcome Open Res, (2022). 6:127

Epidemiology of COVID-19 infections on routine polymerase chain reaction (PCR) and serology testing in Coastal Kenya.Nyagwange, J. Ndwiga, L. Muteru, K. Wamae, K. Tuju, J. Testing Team, C. Kutima, B. Gitonga, J. Karanja, H. Mugo, D. Kasera, K. Amoth, P. Murunga, N. Babu, L. Otieno, E. Githinji, G. Nokes, D. J. Tsofa, B. Orindi, B. Barasa, E. Warimwe, G. Agoti, C. N. Bejon, P. Ochola-Oyier, L. I.
Wellcome Open Res, (2022). 7:69

An open dataset of Plasmodium falciparum genome variation in 7,000 worldwide samples.MalariaGen, Ahouidi, A. Ali, M. Almagro-Garcia, J. Amambua-Ngwa, A. Amaratunga, C. Amato, R. Amenga-Etego, L. Andagalu, B. Anderson, T. J. C. Andrianaranjaka, V. Apinjoh, T. Ariani, C. Ashley, E. A. Auburn, S. Awandare, G. A. Ba, H. Baraka, V. Barry, A. E. Bejon, P. Bertin, G. I. Boni, M. F. Borrmann, S. Bousema, T. Branch, O. Bull, P. C. Busby, G. B. J. Chookajorn, T. Chotivanich, K. Claessens, A. Conway, D. Craig, A. D'Alessandro, U. Dama, S. Day, N. P. Denis, B. Diakite, M. Djimde, A. Dolecek, C. Dondorp, A. M. Drakeley, C. Drury, E. Duffy, P. Echeverry, D. F. Egwang, T. G. Erko, B. Fairhurst, R. M. Faiz, A. Fanello, C. A. Fukuda, M. M. Gamboa, D. Ghansah, A. Golassa, L. Goncalves, S. Hamilton, W. L. Harrison, G. L. A. Hart, L. Henrichs, C. Hien, T. T. Hill, C. A. Hodgson, A. Hubbart, C. Imwong, M. Ishengoma, D. S. Jackson, S. A. Jacob, C. G. Jeffery, B. Jeffreys, A. E. Johnson, K. J. Jyothi, D. Kamaliddin, C. Kamau, E. Kekre, M. Kluczynski, K. Kochakarn, T. Konate, A. Kwiatkowski, D. P. Kyaw, M. P. Lim, P. Lon, C. Loua, K. M. Maiga-Ascofare, O. Malangone, C. Manske, M. Marfurt, J. Marsh, K. Mayxay, M. Miles, A. Miotto, O. Mobegi, V. Mokuolu, O. A. Montgomery, J. Mueller, I. Newton, P. N. Nguyen, T. Nguyen, T. N. Noedl, H. Nosten, F. Noviyanti, R. Nzila, A. Ochola-Oyier, L. I. Ocholla, H. Oduro, A. Omedo, I. Onyamboko, M. A. Ouedraogo, J. B. Oyebola, K. Pearson, R. D. Peshu, N. Phyo, A. P. Plowe, C. V. Price, R. N. Pukrittayakamee, S. Randrianarivelojosia, M. Rayner, J. C. Ringwald, P. Rockett, K. A. Rowlands, K. Ruiz, L. Saunders, D. Shayo, A. Siba, P. Simpson, V. J. Stalker, J. Su, X. Z. Sutherland, C. Takala-Harrison, S. Tavul, L. Thathy, V. Tshefu, A. Verra, F. Vinetz, J. Wellems, T. E. Wendler, J. White, N. J. Wright, I. Yavo, W. Ye, H.
Wellcome Open Res, (2021). 6:42

An optimization of four SARS-CoV-2 qRT-PCR assays in a Kenyan laboratory to support the national COVID-19 rapid response teams.Mohammed, K. S. de Laurent, Z. R. Omuoyo, D. O. Lewa, C. Gicheru, E. Cheruiyot, R. Bartilol, B. Mutua, S. Musyoki, J. Gumba, H. Mwacharo, J. Riako, D. Mwangi, S. J. Gichuki, B. M. Nyamako, L. Karani, A. Karanja, H. Mugo, D. Gitonga, J. N. Njuguna, S. Gumbi, W. Tawa, B. Tendwa, M. Cheruiyot, W. Sein, Y. Nyambu, J. K. Patta, S. O. Thani, T. S. Maitha, E. K. Kitole, B. Mwakinangu, M. S. Muslih, B. S. Otieno, J. O. Nyiro, J. U. Kiyuka, P. Ndwiga, L. Wamae, K. Kimani, D. Makale, J. Morobe, J. M. Osoti, V. Lambisia, A. W. Odundo, C. Mwarumba, S. Mutunga, M. Bejon, P. Tsofa, B. Agoti, C. N. Ochola-Oyier, L. I.
Wellcome Open Res, (2020). 5:162

Pooled testing conserves SARS-CoV-2 laboratory resources and improves test turn-around time: experience on the Kenyan Coast.Agoti, C. N. Mutunga, M. Lambisia, A. W. Kimani, D. Cheruiyot, R. Kiyuka, P. Lewa, C. Gicheru, E. Tendwa, M. Said Mohammed, K. Osoti, V. Makale, J. Tawa, B. Odundo, C. Cheruiyot, W. Nyamu, W. Gumbi, W. Mwacharo, J. Nyamako, L. Otieno, E. Amadi, D. Thoya, J. Karani, A. Mugo, D. Musyoki, J. Gumba, H. Mwarumba, S. M. Gichuki B Njuguna, S. Riako, D. Mutua, S. Gitonga, J. N. Sein, Y. Bartilol, B. Mwangi, S. J. O. Omuoyo D M. Morobe J de Laurent, Z. R. Bejon, P. Ochola-Oyier, L. I. Tsofa, B.
Wellcome Open Res, (2020). 5:186

Geographic-genetic analysis of Plasmodium falciparum parasite populations from surveys of primary school children in Western Kenya.Omedo, I. Mogeni, P. Rockett, K. Kamau, A. Hubbart, C. Jeffreys, A. Ochola-Oyier, L. I. de Villiers, E. P. Gitonga, C. W. Noor, A. M. Snow, R. W. Kwiatkowski, D. Bejon, P.
Wellcome Open Res, (2017). 2:29