Philip Bejon/Wellcome Open Res

Pf8: an open dataset of Plasmodium falciparum genome variation in 33,325 worldwide samples.Malaria Genomic Epidemiology, Network Abdel Hamid, M. M. Abdelraheem, M. H. Acheampong, D. O. Adam, I. Aide, P. Ajibaye, O. Ali, M. Almagro-Garcia, J. Amambua-Ngwa, A. Amenga-Etego, L. Aniebo, I. Aninagyei, E. Ansah, F. Apinjoh, T. O. Ariani, C. V. Auburn, S. Awandare, G. A. Balmer, A. Bejon, P. Boene, S. Bwire, G. Candrinho, B. Chidimatembue, A. Chindavongsa, K. Comiche, K. Conway, D. Dara, A. Diakite, M. Djimde, A. Dondorp, A. Doumbia, S. Drury, E. Fanello, C. A. Ferdig, M. Figueroa, K. Gamboa, D. Golassa, L. Goncalves, S. Guindo, M. D. A. Hamaluba, M. Hanboonkunupakarn, B. Howe, K. Hussien, M. Imwong, M. Ishengoma, D. Jeans, J. Kabaghe, A. Kamuhabwa, A. Kindermans, J. M. Konate, D. S. Kwiatkowski, D. P. Lee, C. Lee, S. K. Lee, S. J. Ley, B. Llanos-Cuentas, A. Marfurt, J. Matambisso, G. Maude, R. R. Maude, R. J. Mayor, A. Mayxay, M. Maiga-Ascofare, O. McCann, R. S. Miles, A. Miotto, O. Mohamed, A. O. Morang'a, C. M. Murie, K. Ngasala, B. E. Nguyen, T. N. Nolasco, O. Nosten, F. Noviyanti, R. O'Connor, I. Oboh, M. Ochola-Oyier, L. I. Olufunke Falade, C. Olukosi, A. Olumide, A. Olusola, F. I. Onyamboko, M. A. Oriero, E. C. Oyibo, W. A. Pannebaker, D. Pearson, R. D. Phiri, K. van der Pluijm, R. W. Price, R. N. Quang, H. H. Rajkumar Devaraju, V. Randrianarivelojosia, M. Ranford-Cartwright, L. Rayner, J. C. Rovira-Vallbona, E. Rowlands, K. Ruano-Rubio, V. Sanchez, J. F. Saute, F. Shettima, S. da Silva, C. Simpson, V. J. Suddaby, S. Takken, W. Thu, A. M. Toure, M. Unlu, E. Valdivia, H. O. van Vugt, M. Waithira, N. Wellems, T. Wendler, J. White, N. Wuendrich Ogidan, R.
Wellcome Open Res, (2025). 10:325

A pragmatic randomized controlled trial of standard care versus corticosteroids plus standard care for treatment of pneumonia in adults admitted to Kenyan hospitals (SONIA).Lucinde, R. Abdi, A. Orindi, B. Mwakio, S. Gathuri, H. Onyango, E. Chira, S. Ogero, M. Isaaka, L. Shangala, J. Oginga, I. N. Wachira, A. Manuthu, E. Kariuki, H. Nyikuli, J. Wekesa, C. Otedo, A. Bosire, H. Okoth, S. B. Ongalo, W. Mukabi, D. Lusamba, W. Muthui, B. Kirui, N. Adembesa, I. Mithi, C. Sood, M. Ahmed, N. Gituma, B. Ongaki, V. B. Giabe, M. Omondi, C. Ombajo, L. A. Kagucia, W. English, M. Hamaluba, M. Ochola-Oyier, L. I. Kamuya, D. Bejon, P. Agweyu, A. Akech, S. Etyang, A. O.
Wellcome Open Res, (2025). 7:269

Kinetics of naturally induced binding and neutralising anti-SARS-CoV-2 antibody levels and potencies among SARS-CoV-2 infected Kenyans with diverse grades of COVID-19 severity: an observational study.Kimotho, J. Sein, Y. Sayed, S. Shah, R. Mwai, K. Saleh, M. Wanjiku, P. Mwacharo, J. Nyagwange, J. Karanja, H. Kutima, B. Gitonga, J. N. Mugo, D. Karanu, A. Moranga, L. Oluoch, V. Shah, J. Mutiso, J. Mburu, A. Nneka, Z. Betti, P. Usyu Mutinda, W. Abdi, A. I. Bejon, P. Ochola-Oyier, L. I. Warimwe, G. M. Nduati, E. W. Ndungu, F. M.
Wellcome Open Res, (2025). 8:350

Comparative performance of the InBios SCoV-2 Detect (TM) IgG ELISA and the in-house KWTRP ELISA in detecting SARS-CoV-2 spike IgG antibodies in Kenyan populations.Kutima, B. Kagucia, E. W. Mwai, K. Kimani, M. Sigilai, A. Mugo, D. Karanja, H. Gitonga, J. N. Karani, A. Akech, D. Toroitich, M. Karia, B. Tuju, J. Ziraba, A. K. Bigogo, G. Ochieng, C. Onyango, C. Lidechi, S. Munywoki, P. K. Uyoga, S. Adetifa, I. M. O. Oyier, L. I. O. Bejon, P. Scott, J. A. G. Agweyu, A. Warimwe, G. M. Nyagwange, J. Kenya, Sars-CoV-Serology Consortium
Wellcome Open Res, (2024). 9:349

Utility of MALDI-TOF MS for determination of species identity and blood meal sources of primary malaria vectors on the Kenyan coast.Karisa, J. Ominde, K. Tuwei, M. Bartilol, B. Ondieki, Z. Musani, H. Wanjiku, C. Mwikali, K. Babu, L. Rono, M. Eminov, M. Mbogo, C. Bejon, P. Mwangangi, J. Laroche, M. Maia, M.
Wellcome Open Res, (2024). 8:151

Targeted amplicon deep sequencing of ama1 and mdr1 to track within-host P. falciparum diversity throughout treatment in a clinical drug trial.Wamae, K. Ndwiga, L. Kharabora, O. Kimenyi, K. Osoti, V. de Laurent, Z. Wambua, J. Musyoki, J. Ngetsa, C. Kalume, P. Mwambingu, G. Hamaluba, M. van der Pluijm, R. Dondorp, A. M. Bailey, J. Juliano, J. Bejon, P. Ochola-Oyier, L.
Wellcome Open Res, (2024). 7:95

Safety and immunogenicity of varied doses of R21/Matrix-M vaccine at three years follow-up: A phase 1b age de-escalation, dose-escalation trial in adults, children, and infants in Kilifi-Kenya.Sang, S. Datoo, M. S. Otieno, E. Muiruri, C. Bellamy, D. Gathuri, E. Ngoto, O. Musembi, J. Provstgaard-Morys, S. Stockdale, L. Aboagye, J. Woods, D. Lawrie, A. Roberts, R. Keter, K. Kimani, D. Ndungu, F. Kapulu, M. Njau, I. Orindi, B. Ewer, K. J. Hill, A. V. S. Bejon, P. Hamaluba, M.
Wellcome Open Res, (2023). 8:450

Safety and immunogenicity of ChAdOx1 nCoV-19 (AZD1222) vaccine in adults in Kenya: a phase 1/2 single-blind, randomised controlled trial.Hamaluba, M. Sang, S. Orindi, B. Njau, I. Karanja, H. Kamau, N. Gitonga, J. N. Mugo, D. Wright, D. Nyagwange, J. Kutima, B. Omuoyo, D. Mwatasa, M. Ngetsa, C. Agoti, C. Cheruiyot, S. Nyaguara, A. Munene, M. Mturi, N. Oloo, E. Ochola-Oyier, L. Mumba, N. Mauncho, C. Namayi, R. Davies, A. Tsofa, B. Nduati, E. W. Aliyan, N. Kasera, K. Etyang, A. Boyd, A. Hill, A. Gilbert, S. Douglas, A. Pollard, A. Bejon, P. Lambe, T. Warimwe, G. C. O. V. Vaccine Trial Group
Wellcome Open Res, (2023). 8:182

Pf7: an open dataset of Plasmodium falciparum genome variation in 20,000 worldwide samples.MalariaGen, Abdel Hamid, M. M. Abdelraheem, M. H. Acheampong, D. O. Ahouidi, A. Ali, M. Almagro-Garcia, J. Amambua-Ngwa, A. Amaratunga, C. Amenga-Etego, L. Andagalu, B. Anderson, T. Andrianaranjaka, V. Aniebo, I. Aninagyei, E. Ansah, F. Ansah, P. O. Apinjoh, T. Arnaldo, P. Ashley, E. Auburn, S. Awandare, G. A. Ba, H. Baraka, V. Barry, A. Bejon, P. Bertin, G. I. Boni, M. F. Borrmann, S. Bousema, T. Bouyou-Akotet, M. Branch, O. Bull, P. C. Cheah, H. Chindavongsa, K. Chookajorn, T. Chotivanich, K. Claessens, A. Conway, D. J. Corredor, V. Courtier, E. Craig, A. D'Alessandro, U. Dama, S. Day, N. Denis, B. Dhorda, M. Diakite, M. Djimde, A. Dolecek, C. Dondorp, A. Doumbia, S. Drakeley, C. Drury, E. Duffy, P. Echeverry, D. F. Egwang, T. G. Enosse, S. M. M. Erko, B. Fairhurst, R. M. Faiz, A. Fanello, C. A. Fleharty, M. Forbes, M. Fukuda, M. Gamboa, D. Ghansah, A. Golassa, L. Goncalves, S. Harrison, G. L. A. Healy, S. A. Hendry, J. A. Hernandez-Koutoucheva, A. Hien, T. T. Hill, C. A. Hombhanje, F. Hott, A. Htut, Y. Hussein, M. Imwong, M. Ishengoma, D. Jackson, S. A. Jacob, C. G. Jeans, J. Johnson, K. J. Kamaliddin, C. Kamau, E. Keatley, J. Kochakarn, T. Konate, D. S. Konate, A. Kone, A. Kwiatkowski, D. P. Kyaw, M. P. Kyle, D. Lawniczak, M. Lee, S. K. Lemnge, M. Lim, P. Lon, C. Loua, K. M. Mandara, C. I. Marfurt, J. Marsh, K. Maude, R. J. Mayxay, M. Maiga-Ascofare, O. Miotto, O. Mita, T. Mobegi, V. Mohamed, A. O. Mokuolu, O. A. Montgomery, J. Morang'a, C. M. Mueller, I. Murie, K. Newton, P. N. Ngo Duc, T. Nguyen, T. Nguyen, T. N. Nguyen Thi Kim, T. Nguyen Van, H. Noedl, H. Nosten, F. Noviyanti, R. Ntui, V. N. Nzila, A. Ochola-Oyier, L. I. Ocholla, H. Oduro, A. Omedo, I. Onyamboko, M. A. Ouedraogo, J. B. Oyebola, K. Oyibo, W. A. Pearson, R. Peshu, N. Phyo, A. P. Plowe, C. V. Price, R. N. Pukrittayakamee, S. Quang, H. H. Randrianarivelojosia, M. Rayner, J. C. Ringwald, P. Rosanas-Urgell, A. Rovira-Vallbona, E. Ruano-Rubio, V. Ruiz, L. Saunders, D. Shayo, A. Siba, P. Simpson, V. J. Sissoko, M. S. Smith, C. Su, X. Z. Sutherland, C. Takala-Harrison, S. Talman, A. Tavul, L. Thanh, N. V. Thathy, V. Thu, A. M. Toure, M. Tshefu, A. Verra, F. Vinetz, J. Wellems, T. E. Wendler, J. White, N. J. Whitton, G. Yavo, W. van der Pluijm, R. W.
Wellcome Open Res, (2023). 8:22

The CINAMR (Clinical Information Network-Antimicrobial Resistance) Project: A pilot microbial surveillance using hospitals linked to regional laboratories in Kenya: Study Protocol.Akech, S. Nyamwaya, B. Gachoki, J. Ogero, M. Kigo, J. Maina, M. Mutua, E. Ooko, E. Bejon, P. Mwarumba, S. Bahati, F. Mvera, B. Musyimi, R. Onsare, R. Hutter, J. Tanui, E. Wesangula, E. Turner, P. Dunachie, S. Lucey, O. McKnight, J. Cinamr Investigators
Wellcome Open Res, (2022). 7:256

Revealing the extent of the first wave of the COVID-19 pandemic in Kenya based on serological and PCR-test data.Ojal, J. Brand, S. P. C. Were, V. Okiro, E. A. Kombe, I. K. Mburu, C. Aziza, R. Ogero, M. Agweyu, A. Warimwe, G. M. Uyoga, S. Adetifa, I. M. O. Scott, J. A. G. Otieno, E. Ochola-Oyier, L. I. Agoti, C. N. Kasera, K. Amoth, P. Mwangangi, M. Aman, R. Ng'ang'a, W. Tsofa, B. Bejon, P. Barasa, E. Keeling, M. J. Nokes, D. J.
Wellcome Open Res, (2022). 6:127

Epidemiology of COVID-19 infections on routine polymerase chain reaction (PCR) and serology testing in Coastal Kenya.Nyagwange, J. Ndwiga, L. Muteru, K. Wamae, K. Tuju, J. Testing Team, C. Kutima, B. Gitonga, J. Karanja, H. Mugo, D. Kasera, K. Amoth, P. Murunga, N. Babu, L. Otieno, E. Githinji, G. Nokes, D. J. Tsofa, B. Orindi, B. Barasa, E. Warimwe, G. Agoti, C. N. Bejon, P. Ochola-Oyier, L. I.
Wellcome Open Res, (2022). 7:69

10-year longitudinal study of malaria in children: Insights into acquisition and maintenance of naturally acquired immunity.Addy, J. W. G. Bediako, Y. Ndungu, F. M. Valetta, J. J. Reid, A. J. Mwacharo, J. Ngoi, J. M. Wambua, J. Otieno, E. Musyoki, J. Said, K. Berriman, M. Marsh, K. Bejon, P. Recker, M. Langhorne, J.
Wellcome Open Res, (2022). 6:79

Mortality in rural coastal Kenya measured using the Kilifi Health and Demographic Surveillance System: a 16-year descriptive analysis.Otiende, M. Bauni, E. Nyaguara, A. Amadi, D. Nyundo, C. Tsory, E. Walumbe, D. Kinuthia, M. Kihuha, N. Kahindi, M. Nyutu, G. Moisi, J. Deribew, A. Agweyu, A. Marsh, K. Tsofa, B. Bejon, P. Bottomley, C. Williams, T. N. Scott, J. A. G.
Wellcome Open Res, (2021). 6:327

An open dataset of Plasmodium falciparum genome variation in 7,000 worldwide samples.MalariaGen, Ahouidi, A. Ali, M. Almagro-Garcia, J. Amambua-Ngwa, A. Amaratunga, C. Amato, R. Amenga-Etego, L. Andagalu, B. Anderson, T. J. C. Andrianaranjaka, V. Apinjoh, T. Ariani, C. Ashley, E. A. Auburn, S. Awandare, G. A. Ba, H. Baraka, V. Barry, A. E. Bejon, P. Bertin, G. I. Boni, M. F. Borrmann, S. Bousema, T. Branch, O. Bull, P. C. Busby, G. B. J. Chookajorn, T. Chotivanich, K. Claessens, A. Conway, D. Craig, A. D'Alessandro, U. Dama, S. Day, N. P. Denis, B. Diakite, M. Djimde, A. Dolecek, C. Dondorp, A. M. Drakeley, C. Drury, E. Duffy, P. Echeverry, D. F. Egwang, T. G. Erko, B. Fairhurst, R. M. Faiz, A. Fanello, C. A. Fukuda, M. M. Gamboa, D. Ghansah, A. Golassa, L. Goncalves, S. Hamilton, W. L. Harrison, G. L. A. Hart, L. Henrichs, C. Hien, T. T. Hill, C. A. Hodgson, A. Hubbart, C. Imwong, M. Ishengoma, D. S. Jackson, S. A. Jacob, C. G. Jeffery, B. Jeffreys, A. E. Johnson, K. J. Jyothi, D. Kamaliddin, C. Kamau, E. Kekre, M. Kluczynski, K. Kochakarn, T. Konate, A. Kwiatkowski, D. P. Kyaw, M. P. Lim, P. Lon, C. Loua, K. M. Maiga-Ascofare, O. Malangone, C. Manske, M. Marfurt, J. Marsh, K. Mayxay, M. Miles, A. Miotto, O. Mobegi, V. Mokuolu, O. A. Montgomery, J. Mueller, I. Newton, P. N. Nguyen, T. Nguyen, T. N. Noedl, H. Nosten, F. Noviyanti, R. Nzila, A. Ochola-Oyier, L. I. Ocholla, H. Oduro, A. Omedo, I. Onyamboko, M. A. Ouedraogo, J. B. Oyebola, K. Pearson, R. D. Peshu, N. Phyo, A. P. Plowe, C. V. Price, R. N. Pukrittayakamee, S. Randrianarivelojosia, M. Rayner, J. C. Ringwald, P. Rockett, K. A. Rowlands, K. Ruiz, L. Saunders, D. Shayo, A. Siba, P. Simpson, V. J. Stalker, J. Su, X. Z. Sutherland, C. Takala-Harrison, S. Tavul, L. Thathy, V. Tshefu, A. Verra, F. Vinetz, J. Wellems, T. E. Wendler, J. White, N. J. Wright, I. Yavo, W. Ye, H.
Wellcome Open Res, (2021). 6:42

An optimization of four SARS-CoV-2 qRT-PCR assays in a Kenyan laboratory to support the national COVID-19 rapid response teams.Mohammed, K. S. de Laurent, Z. R. Omuoyo, D. O. Lewa, C. Gicheru, E. Cheruiyot, R. Bartilol, B. Mutua, S. Musyoki, J. Gumba, H. Mwacharo, J. Riako, D. Mwangi, S. J. Gichuki, B. M. Nyamako, L. Karani, A. Karanja, H. Mugo, D. Gitonga, J. N. Njuguna, S. Gumbi, W. Tawa, B. Tendwa, M. Cheruiyot, W. Sein, Y. Nyambu, J. K. Patta, S. O. Thani, T. S. Maitha, E. K. Kitole, B. Mwakinangu, M. S. Muslih, B. S. Otieno, J. O. Nyiro, J. U. Kiyuka, P. Ndwiga, L. Wamae, K. Kimani, D. Makale, J. Morobe, J. M. Osoti, V. Lambisia, A. W. Odundo, C. Mwarumba, S. Mutunga, M. Bejon, P. Tsofa, B. Agoti, C. N. Ochola-Oyier, L. I.
Wellcome Open Res, (2020). 5:162

Pooled testing conserves SARS-CoV-2 laboratory resources and improves test turn-around time: experience on the Kenyan Coast.Agoti, C. N. Mutunga, M. Lambisia, A. W. Kimani, D. Cheruiyot, R. Kiyuka, P. Lewa, C. Gicheru, E. Tendwa, M. Said Mohammed, K. Osoti, V. Makale, J. Tawa, B. Odundo, C. Cheruiyot, W. Nyamu, W. Gumbi, W. Mwacharo, J. Nyamako, L. Otieno, E. Amadi, D. Thoya, J. Karani, A. Mugo, D. Musyoki, J. Gumba, H. Mwarumba, S. M. Gichuki B Njuguna, S. Riako, D. Mutua, S. Gitonga, J. N. Sein, Y. Bartilol, B. Mwangi, S. J. O. Omuoyo D M. Morobe J de Laurent, Z. R. Bejon, P. Ochola-Oyier, L. I. Tsofa, B.
Wellcome Open Res, (2020). 5:186

Interferon-gamma polymorphisms and risk of iron deficiency and anaemia in Gambian children.Abuga, K. M. Rockett, K. A. Muriuki, J. M. Koch, O. Nairz, M. Sirugo, G. Bejon, P. Kwiatkowski, D. P. Prentice, A. M. Atkinson, S. H.
Wellcome Open Res, (2020). 5:40

Cost-effectiveness of oral versus intravenous antibiotics (OVIVA) in patients with bone and joint infection: evidence from a non-inferiority trial.McMeekin, N. Geue, C. Briggs, A. Rombach, I. Li, H. K. Bejon, P. McNally, M. Atkins, B. L. Ferguson, J. Scarborough, M. Oviva collaborators
Wellcome Open Res, (2019). 4:108

Bayesian evaluation of the performance of three diagnostic tests for Plasmodium falciparum infection in a low-transmission setting in Kilifi County, Kenya.Mweu, M. M. Wambua, J. Njuga, F. Bejon, P. Mwanga, D.
Wellcome Open Res, (2019). 4:67