George Githinji

Cholera in Kenya: A scoping review of current research, evidence gaps and future directions.Wamae, K. Magudha, J. Kakungu, A. Aricha, S. Langat, D. Kinyanjui, S. Mokaya, J. Thomson, N. R. Agoti, C. Githinji, G.
PLOS Glob Public Health, (2026). 6:e0006011

Longitudinal Epidemiology and Variant Dynamics of SARS-CoV-2 in Coastal Kenya (2020-2025): Clinical Features and Wave Patterns.Lambisia, A. W. Nyiro, J. Githinji, G. Katama, E. N. Moraa, E. Mwita, J. M. Mutunga, M. Maina, G. Bejon, P. Phan, M. V. T. Cotten, M. Dellicour, S. Ochola-Oyier, L. I. Sande, C. Holmes, E. C. Nyagwange, J. Agoti, C. N.
Open Forum Infect Dis, (2026). 13:ofag084

Eight coding-complete genomes of human metapneumovirus recovered by virus metagenomics in coastal Kenya, 2021-2024.Mwasya, S. K. Okanda, D. Odoyo, S. Katama, E. N. Lewa, C. Lambisia, A. W. Githinji, G. Agoti, C. N.
Microbiol Resour Announc, (2026). 15:e0006526

Coxsackievirus A24 variant whole genome sequencing from clinical samples using a three overlapping amplicons strategy.Morobe, J. M. Odoyo, S. Lambisia, A. W. Moraa, E. Houldcroft, C. J. Holmes, E. C. Githinji, G. Agoti, C. N.
Wellcome Open Res, (2025). 10:316

Genomic and clinical epidemiology of SARS-CoV-2 in coastal Kenya: insights into variant circulation, reinfection, and multiple lineage importations during a post-pandemic wave.Lambisia, A. W. Katama, E. N. Moraa, E. Mwita, J. M. Gallagher, K. Mutunga, M. Nyale, E. Omungala, J. Mwanga, M. Murunga, N. Nyiro, J. Nyagwange, J. Sande, C. Bejon, P. Githinji, G. Dellicour, S. Phan, M. V. T. Cotten, M. Ochola-Oyier, L. I. Holmes, E. C. Agoti, C. N.
BMC Glob Public Health, (2025). 3:80

Epidemiological dynamics of influenza B virus across multiple seasons in Kenya and Uganda inferred from sequence data, 2010-2021.Nyarango, B. K. Owuor, D. C. Isoe, E. Mutunga, M. Cheruiyot, R. Katama, E. N. Makori, T. Lambisia, A. Nyiro, J. Githinji, G. Kiguli, S. Olupot-Olupot, P. Maitland, K. Agoti, C. N.
BMC Infect Dis, (2025). 25:1080

GRAPEVNE - Graphical Analytical Pipeline Development Environment for Infectious Diseases.Brittain, J. S. Tsui, J. Inward, R. Gutierrez, B. Mwanyika, G. Tegally, H. Huynh, T. Githinji, G. Tessema, S. K. McCrone, J. T. Bhatt, S. Dasgupta, A. Ratcliffe, S. Kraemer, M. U. G.
Wellcome Open Res, (2025). 10:279

Emergence and transmission dynamics of the FY.4 Omicron variant in Kenya.Musundi, S. Mwanga, M. Lambisia, A. Morobe, J. M. Murunga, N. Moraa, E. Ndwiga, L. Cheruiyot, R. Musyoki, J. Mutunga, M. Guzman-Rincon, L. M. Sande, C. Mwangangi, J. Bejon, P. Ochola-Oyier, L. I. Nokes, D. J. Agoti, C. N. Nyiro, J. Githinji, G.
Virus Evol, (2025). 11:veaf035

Deploying Metagenomics to Characterize Microbial Pathogens During Outbreak of Acute Febrile Illness Among Children in Tanzania.Mziray, S. R. Githinji, G. de Laurent, Z. R. Mbelele, P. M. Mohammed, K. S. Wadugu, B. D. Grundy, B. S. Heysell, S. K. Mpagama, S. G. Chilongola, J. O.
Pathogens, (2025). 14:

The genome sequence of varicella-zoster virus (Varicellovirus humanalpha3) obtained by metagenomics from a patient presenting with an exanthem rash.Musundi, S. Okanda, D. Lambisia, A. Morobe, J. M. Muthanje, E. Ochola-Oyier, L. I. Carter, D. P. Agoti, C. N. Kiiru, J. Githinji, G.
Microbiol Resour Announc, (2025). 14:e0024825

Identification of coxsackievirus A24 variant during an acute hemorrhagic conjunctivitis outbreak in coastal Kenya, 2024.Lambisia, A. W. Mwita Morobe, J. Moraa, E. Mwarumba, S. Korir, F. K. N. Seif Athman, R. Kiptui, R. Mbee, M. Mugo, N. Amoth, P. Muange, P. J. Houldcroft C Barasa, E. Mwangangi, J. Githinji, G. C. Holmes E Ochola-Oyier, L. I. Agoti, C. N.
Wellcome Open Res, (2025). 10:28

Hepatitis B Core-Related Antigen Point-of-Care Tests as a Risk Stratification Tool for Treatment Eligibility: Experience From Kenya.Downs, L. O. Okanda, D. Chirro, O. Zaharani, M. Safari, B. Aliyan, N. Andersson, M. I. Tanaka, Y. Etyang, A. O. Shimakawa, Y. Githinji, G. Matthews, P. C.
Open Forum Infect Dis, (2025). 12:ofaf125

Evaluation of population immunity against SARS-CoV-2 variants, EG.5.1, FY.4, BA.2.86, JN.1, JN.1.4, and KP.3.1.1 using samples from two health demographic surveillance systems in Kenya.Lugano, D. Kutima, B. Kimani, M. Sigilai, A. Gitonga, J. Karani, A. Akech, D. Karia, B. Ziraba, A. K. Maina, A. Lambisia, A. Omuoyo, D. Mugo, D. Lucinde, R. Owuor, S. Konyino, G. Newman, J. Bailey, D. Nduati, E. Githinji, G. Agoti, C. N. Bejon, P. Scott, J. A. G. Agweyu, A. Kagucia, W. Warimwe, G. M. Sande, C. Ochola-Oyier, L. I. Nyagwange, J.
BMC Infect Dis, (2024). 24:1474

STRIKE-HBV: establishing an HBV screening programme in Kilifi, Kenya-challenges, successes and lessons learnt.Downs, L. O. Chirro, O. Zaharani, M. Safari, B. Okanda, D. Githinji, G. Andersson, M. I. Newton, R. Etyang, A. Aliyan, N. Matthews, P. C.
Sex Transm Infect, (2024). 100:325-328

Where do those data go? Reuse of screening results from clinical trials to estimate population prevalence of HBV infection in adults in Kilifi, Kenya.Downs, L. O. Campbell, C. Abouyannis, M. Otiende, M. Kapulu, M. Obiero, C. W. Hamaluba, M. Ngetsa, C. Andersson, M. I. Githinji, G. Warimwe, G. Baisley, K. Scott, J. A. G. Matthews, P. C. Etyang, A.
J Virus Erad, (2023). 9:100355

Symptom prevalence and secondary attack rate of SARS-CoV-2 in rural Kenyan households: A prospective cohort study.Gallagher, K. E. Nyiro, J. Agoti, C. N. Maitha, E. Nyagwange, J. Karani, A. Bottomley, C. Murunga, N. Githinji, G. Mutunga, M. Ochola-Oyier, L. I. Kombe, I. Nyaguara, A. Kagucia, E. W. Warimwe, G. Agweyu, A. Tsofa, B. Bejon, P. Scott, J. A. G. Nokes, D. J.
Influenza Other Respir Viruses, (2023). 17:e13185

New SARS-CoV-2 Omicron Variant with Spike Protein Mutation Y451H, Kilifi, Kenya, March-May 2023.Mwanga, M. J. Lambisia, A. W. Morobe, J. M. Murunga, N. Moraa, E. Ndwiga, L. Cheruiyot, R. Musyoki, J. Mutunga, M. Guzman-Rincon, L. M. Sande, C. Mwangangi, J. Bejon, P. Ochola-Oyier, L. I. Nokes, D. J. Agoti, C. N. Nyiro, J. Githinji, G.
Emerg Infect Dis, (2023). 29:2376-2379

A pan-African pathogen genomics data sharing platform to support disease outbreaks.Christoffels, A. Mboowa, G. van Heusden, P. Makhubela, S. Githinji, G. Mwangi, S. Onywera, H. Nnaemeka, N. Amoako, D. G. Olawoye, I. Diallo, A. Mbala-Kingebeni, P. Oyola, S. O. Adu, B. Mvelase, C. Ondoa, P. Dratibi, F. A. Sow, A. Gumede, N. Tessema, S. K. Ouma, A. O. Tebeje, Y. K.
Nat Med, (2023). 29:1052-1055

Genomic epidemiology of human adenovirus F40 and F41 in coastal Kenya: A retrospective hospital-based surveillance study (2013-2022).Lambisia, A. W. Makori, T. O. Mutunga, M. Cheruiyot, R. Murunga, N. Quick, J. Githinji, G. Nokes, D. J. Houldcroft, C. J. Agoti, C. N.
Virus Evol, (2023). 9:vead023

A systematic review of Hepatitis B virus (HBV) prevalence and genotypes in Kenya: Data to inform clinical care and health policy.Downs, L. O. Campbell, C. Yonga, P. Githinji, G. Ansari, M. A. Matthews, P. C. Etyang, A. O.
PLOS Glob Public Health, (2023). 3:e0001165